Ho combattuto con questo problema per un po 'ora, so che è molto semplice - ma ho poca esperienza con Python o NetworkX. La mia domanda è molto semplice, sto provando a tracciare un grande set di dati (circa 200 righe/colonne) di una matrice che assomiglia a questo. La prima riga e la prima colonna sono identiche.Plot Grafico di reteX dalla matrice di adiacenza nel file CSV
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K
A,0,1,1,0,1,1,1,1,0,1,0
B,1,0,0,0,1,1,1,1,0,1,0
C,1,0,0,0,1,1,1,1,0,1,0
E 'solo una matrice che mostra come le persone sono connesse, e tutto quello che voglio è quello di importare e tracciare questo file CSV, con il suo etichette corrispondenti in NetworkX.
devo questo file (people.cs
v), e guardando le risposte precedenti here, sembra il modo migliore per farlo è mettendo i dati in un array con NumPy.
Sembra esserci un problema con questo:
import numpy as np
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
from numpy import genfromtxt
import numpy as np
mydata = genfromtxt('mouse.csv', delimiter=',')
ottengo il seguente output:
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/npyio.py", line 1272, in genfromtxt
fhd = iter(np.lib._datasource.open(fname, 'rbU'))
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 145, in open
return ds.open(path, mode)
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 472, in open
found = self._findfile(path)
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 323, in _findfile
if self.exists(name):
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 417, in exists
from urllib2 import urlopen
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/urllib2.py", line 94, in <module>
import httplib
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/httplib.py", line 69, in <module>
from array import array
File "/Users/Plosslab/Documents/PythonStuff/array.py", line 4, in <module>
NameError: name 'array' is not defined
Questo è molto utile, ma è imperativo che i nodi sono etichettati, mentre genfromtxt sembra per rimuovere quella parte. – Workhorse
ok aggiornerò il codice in modo da ottenere le etichette di base. – Scott
Penso di aver frainteso. Le lettere sono le tue etichette? Se si desidera utilizzare qualcosa di diverso dal numero di riga/codice come etichette, è possibile aggiungere etichette personalizzate: https://networkx.github.io/documentation/latest/examples/drawing/labels_and_colors.html – Scott