csv a matrice sparsa in python

Question

Ho un grande file csv che elenca le connessioni tra i nodi in un grafico. Esempio:

0001,95784
0001,98743
0002,00082
0002,00091

Quindi questo significa che il nodo id 0001 è collegato al nodo 95.784 e 98743 e così via. Ho bisogno di leggere questo in una matrice sparsa in numpy. Come posso fare questo? Sono nuovo in Python quindi anche le esercitazioni su questo sarebbero utili.

Answer 1

Esempio con lil_matrix (elenco di matrice lista) del SciPy.

Matrice di elenchi concatenati basata su righe.

Questo contiene un elenco (self.rows) di righe, ognuna delle quali è un elenco ordinato di indici di colonna di elementi diversi da zero. Contiene anche un elenco (self.data) di elenchi di questi elementi.

$ cat 1938894-simplified.csv 
0,32 
1,21 
1,23 
1,32 
2,23 
2,53 
2,82 
3,82 
4,46 
5,75 
7,86 
8,28 

Codice:

#!/usr/bin/env python 

import csv 
from scipy import sparse 

rows, columns = 10, 100 
matrix = sparse.lil_matrix((rows, columns)) 

csvreader = csv.reader(open('1938894-simplified.csv')) 
for line in csvreader: 
    row, column = map(int, line) 
    matrix.data[row].append(column) 

print matrix.data 

uscita:

[[32] [21, 23, 32] [23, 53, 82] [82] [46] [75] [] [86] [28] []] 

Answer 2

Se si desidera una matrice di adiacenza, si può fare qualcosa di simile:

from scipy.sparse import * 
from scipy import * 
from numpy import * 
import csv 
S = dok_matrix((10000,10000), dtype=bool) 
f = open("your_file_name") 
reader = csv.reader(f) 
for line in reader: 
    S[int(line[0]),int(line[1])] = True 

Answer 3

Potreste anche essere interessati a Networkx, un/pacchetto grafico di rete pura pitone.

Dal sito web:

NetworkX è un pacchetto di Python per la creazione, la manipolazione, e lo studio della struttura, dinamiche, e le funzioni delle reti complesse.

>>> import networkx as nx 
>>> G=nx.Graph() 
>>> G.add_edge(1,2) 
>>> G.add_node("spam") 
>>> print G.nodes() 
[1, 2, 'spam'] 
>>> print G.edges() 
[(1, 2)]