Il pacchetto knitr ha aggiunto di recente nuovi motori di vignettatura notangle, ad esempio knitr::rmarkdown_notangle, che consentono la disattivazione della valutazione dei blocchi di vignette. Il processo generale di utilizzo di knitr per le vignette è descritto con here, mentre la specifica funzione notangle è descritta in una risposta a this question.vignette non valutate con knitr :: rmarkdown_notangle
Il mio problema è che non riesco a farlo funzionare. Posso farlo passare R CMD build includendo il .html output nella directory vignettes (Ho messo una copia in inst/doc), ma non riesco a farlo passare R CMD check a meno che non mi specificare --no-build-vignettes, o meno che cambiare il motore torna a rmarkdown_notangle .
Ho creato un pacchetto semplice che contiene la seguente vignetta (in vignettes/notangle.rmd): è disponibile here.
<!--
%\VignetteEngine{knitr::rmarkdown_notangle}
%\VignetteIndexEntry{Supplementary Materials}
-->
A silly little vignette.
```{r}
2+2
```
Il mio file DESCRIPTION include
Suggests:
knitr,
VignetteBuilder: knitr
BuildVignettes: yes
Quando provo a fare funzionare R CMD check ricevo
* checking re-building of vignette outputs ... NOTE
Error in re-building vignettes:
...
Error: processing vignette 'notangle.rmd' failed with diagnostics:
Failed to locate the ‘weave’ output file (by engine ‘knitr::rmarkdown_notangle’)
for vignette with name ‘notangle’. The following files exist in directory ‘.’:
‘notangle.rmd’
Utilizzando r-devel (2014-09-17 r66626), ma succede anche con 3.1.1.
La soluzione alternativa (che preferirei fortemente evitare) consiste nel passare da blocchi di codice R a blocchi di codice generici (apre con triple-backtick, anziché triple-backtick + "r"), che Rmarkdown non elabora.
Sono sicuro che sto facendo qualcosa di ossuto. Qualche indizio?
aggiornamento: posso ottenere quello che mi serve (arrestare tutti pezzi da in corso di valutazione) con l'aggiunta esplicitamente eval=FALSE alle opzioni di ogni pezzo, ma mi piace ancora di sapere cosa sta succedendo ...
Siamo spiacenti, è un bug knitr ... Proverò a risolverlo. –