Sto utilizzando knitr per creare una vignetta del pacchetto R. Questo processo ha funzionato prima di R 3.0, ma non sono stato in grado di ricostruire il pacchetto in R 3.1.1.Errore "knitr" non trovato durante la creazione del pacchetto/vignetta
Quando provo R CMD build ricevo un messaggio di errore:
R CMD build Causata
* checking for file ‘Causata/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘Causata’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* installing the package to build vignettes
* creating vignettes ...
ERROR Error in loadVignetteBuilder(vigns$pkgdir) :
vignette builder 'knitr' not found Calls: <Anonymous> -> loadVignetteBuilder
In addition:
Warning message: In tools::buildVignettes(dir = ".", tangle = TRUE) :
Files named as vignettes but with no recognized vignette engine:
‘vignettes/Causata-vignette.rnw’ (Is a VignetteBuilder field missing?)
Execution halted
Il mio file vignetta ha un VignetteEngine chiamata - qui sono le prime tre righe:
% !Rnw weave = knitr
%\VignetteEngine{knitr::knitr}
%\VignetteIndexEntry{Model training and export}
Il mio pacchetto descrizione del file include un VignetteBuilder campo:
VignetteBuilder: knitr
Penso di essere fo permettendo le istruzioni per Rnw vignettes, quindi sono sconcertato dal messaggio di errore che sto vedendo.
Per inciso, se provo a creare direttamente la vignetta, tutto sembra funzionare perfettamente. Questo comando genera la vignetta PDF:
tools::buildVignettes(dir=".", tangle=TRUE)
Il mio problema sembra essere solo con R CMD build. Perché la build non funzionerà?
Ecco la mia completa file del pacchetto di riferimento DESCRIZIONE:
Package: Causata
Type: Package
Title: Analysis utilities for binary classification and Causata users.
Version: 5.0-1
Date: 2014-10-09
Author: Justin Hemann, David Barker, Suzanne Weller, Jason McFall
Maintainer: Justin Hemann <[email protected]>
Description: The Causata package provides utilities for
extracting data from the Causata application, training regression/classification
models, and exporting models as PMML for scoring.
Depends: R (>= 2.15.1)
Imports: XML, R.utils, rjson, RCurl, stringr, yaml, boot, foreach, data.table, glmnet, ggplot2, methods
Suggests: knitr, doMC, testthat, pROC, RODBC, RMySQL
VignetteBuilder: knitr
License: GPL
LazyLoad: yes
URL: www.nice.com
Non riesco a riprodurlo con la versione corrente CRAN v4.2-0. Non hai fornito la fonte per la v5.0-1, quindi non c'è modo per noi di verificare se si tratta di un problema della tua v5.0-1 o qualcos'altro. –
@Yihui - Ho lo stesso problema su 'Windows 7 Professional', con' R-3.1.2', 'knitr 1.7'. Ogni volta che provo a creare un pacchetto che usa knitr come VignetteBuilder alternativo, ottengo lo stesso messaggio di errore riguardo a: 'Errore in loadVignetteBuilder (vigns $ pkgdir): costruttore di vignette 'knitr' non trovato [...]'. Ad esempio, ho appena provato con il codice sorgente per il pacchetto ** knitrBootstrap **. 'devtools :: build()' e 'devtools :: install()' funzionano entrambi, così come 'tools :: buildVignettes (dir =". ", tangle = TRUE)', ma l'esecuzione di 'R CMD build knitrBootstrap' fallisce. Qualche idea su cosa sto facendo male, dove riportare? –
@ JoshO'Brien Per favore dammi le istruzioni complete per riprodurre il problema. Non so quale versione del pacchetto sorgente knitrBootstrap testare (CRAN? Github?). Dove hai installato knitr? Qual è l'output di 'R -e" .libPaths(); find.package ('knitr') "'? –