Interrupt loop con comando di sistema

Question

Sto usando sempre più Rscript dove avrei normalmente usato gli script di bash. Un piccolo fastidio è che molti di questi script eseguono il ciclo su alcune chiamate system() che non lasciano praticamente il tempo necessario a R per catturare il mio controllo-c se provo a interromperlo. Invece interrompe semplicemente il comando di sistema che era in esecuzione e continua alla successiva iterazione del ciclo. Ad esempio, quando si tenta di interrompere il seguente tenendo premuto control-c, si fa ancora attraverso tutte le iterazioni:

for(i in 1:10) { 
    cat(i) 
    system('sleep 3') 
} 

Finora sono sempre appena violato risolvere questo inserendo una piccola pausa in ogni ciclo come

for(i in 1:10) { 
    Sys.sleep(0.25) 
    cat(i) 
    system('sleep 3') 
} 

che mi permetta di abortire all'interno di un'iterazione o due se tengo premuto control-c, ma mi chiedo, c'è un modo più efficiente per eseguire questo comportamento?

Answer 1

John, non sono sicuro che ciò possa essere d'aiuto, ma dall'investigare setTimeLimit, ho appreso che può fermare l'esecuzione ogni volta che un utente è in grado di eseguire un interrupt, come Ctrl-C. Vedi this question per alcuni riferimenti.

In particolare, le richiamate possono essere la strada da percorrere, e vorrei controllare addTaskCallback e this guide on developer.r-project.org.

Ecco altri quattro suggerimenti:

1. Anche se è un hack, un approccio molto diverso il mio essere di invocare due sessioni R, uno è una sessione di master e l'altro esiste semplicemente per eseguire comandi di shell passavano la sessione principale, che attende solo una conferma che il lavoro è stato fatto prima di iniziare il successivo.

2. Se è possibile utilizzare foreach invece di for (sia in parallelo, tramite% Dopar%, o% serial fare% anziché% Dopar% oppure solo 1 lavoratore iscritto w /), questo può essere più suscettibili di interruzioni, come può essere equivalente al primo suggerimento (dal momento che si biforca R).

3. Se è possibile recuperare il codice di uscita per il comando esterno, è possibile passare a un ciclo condizionale. This previous Q&A sarà utile in tal senso.

4. Se si desidera che tutto venga eseguito in uno script bash, allora R potrebbe semplicemente scrivere uno script lungo (ad esempio, generare una stringa o una serie di stringhe su un file). Questo potrebbe essere eseguito e l'interrupt è garantito non influenzare un ciclo, come hai srotolato il ciclo. In alternativa, puoi scrivere loop in bash. Here are examples. Personalmente, mi piace applicare i comandi ai file usando find (ad esempio find .... -exec doStuff {} ';') o come input tramite backquote. Sfortunatamente, non posso dare facilmente un codice ben formattato su SO, poiché incorpora i backquote all'interno dei backquote ... See this page for examples Quindi, potrebbe essere il caso che tu possa avere un comando, nessun loop e applicare una funzione a tutti i file soddisfare una particolare serie di criteri. L'uso della sostituzione di comando tramite backquote è un trucco molto utile per un utente bash.

Answer 2

È necessario verificare che ogni chiamata a system() abbia uno stato di uscita diverso da zero. Se si verifica un errore imprevisto, il programma deve essere stop() oppure è possibile ottenere risultati imprevisti. I programmi che chiami dovrebbero restituire uno stato di uscita diverso da zero quando vengono uccisi con Ctrl + C e, in caso contrario, si tratta di un bug o difetto in quei programmi.