Come posso produrre grafici come questo?

Question

Mi sono imbattuto in questo tipo di grafico che esegue il clustering gerarchico su un determinato insieme di dati di timeseries. Qualcuno può dirmi come disegnare queste trame?

Sono aperto alle implementazioni in R o Javascript, in particolare utilizzando d3.js.

Answer 1

È sempre possibile creare la trama a mano: con la grafica di base, è il parametro fig consente di aggiungere trame all'interno di un altro complotto.

# Sample data 
n <- 100 
k <- 6 
d <- matrix(rnorm(k*n),nc=k) 
d[,2] <- d[,1] # To help check the results 
colnames(d) <- LETTERS[1:k] 
x <- apply(d,2,cumsum) 
r <- hclust(dist(t(d))) 
# Plot 
op <- par(mar=c(0,0,0,0),oma=c(0,2,0,0)) 
plot(NA,ylim=c(.5,k+.5), xlim=c(0,4),axes=FALSE) 
# Dendrogram. See ?hclust for details. 
xc <- yc <- rep(NA,k) 
o <- 1:k 
o[r$order] <- 1:k 
for(i in 1:(k-1)) { 
    a <- r$merge[i,1] 
    x1 <- if(a<0) o[-a] else xc[a] 
    y1 <- if(a<0) 0 else yc[a] 
    b <- r$merge[i,2] 
    x2 <- if(b<0) o[-b] else xc[b] 
    y2 <- if(b<0) 0 else yc[b] 
    lines( 
    3+c(y1,i,i,y2)/k, 
    c(x1,x1,x2,x2), 
    lwd=k-i 
) 
    xc[i] <- (x1+x2)/2 
    yc[i] <- i 
} 
# Time series 
axis(2,1:k,colnames(d)[r$order],las=1) 
u <- par()$usr 
for(i in 1:k) { 
    f <- c(0,3,i-.5,i+.5) 
    f <- c( 
    (f[1]-u[1])/(u[2]-u[1]), 
    (f[2]-u[1])/(u[2]-u[1]), 
    (f[3]-u[3])/(u[4]-u[3]), 
    (f[4]-u[3])/(u[4]-u[3]) 
) 
    par(new=TRUE,fig=f) 
    plot(x[,r$order[i]],axes=FALSE,xlab="",ylab="",main="",type="l",col="navy",lwd=2) 
    box() 
} 
par(op) 

(Dopo aver scritto questo, mi rendo conto che probabilmente è più facile da fare con layout ...)