Errore PostgreSQL: colonna am.amcanorder inesistente

Sto lavorando su server basato su CentOS versione 6.8 (finale) senza accesso sudo. Ho compilato PostgreSQL v9.6 beta 2.Errore PostgreSQL: colonna am.amcanorder inesistente

Quando sto caricando i dati utilizzando formica, ottengo colonna am.amcanorder non esiste l'errore che non so come risolvere.

Sto seguendo un tutorial per configurare il sistema di data warehousing di Intermine e sono su this step.

ant -Dsource=uniprot-malaria -v

Questo richiederà un paio di minuti per completare, il comando esegue le seguenti operazioni:

Controlla che una fonte con nome UniProt-malaria esiste in project.xml
Legge i file XML UniProt nella posizione specificata da src.data.dir
Chiama il parser incluso nella sorgente uniprot con l'elenco diFile, questo legge l'XML originale e crea elementi che sono rappresentazioni di metadati degli oggetti che verranno caricati nel database di malariamine.
Questi articoli sono memorizzati in un database di articoli intermedi. Legge da il database degli articoli, converte gli oggetti in oggetti e li carica nel database di malariamine.

La parte in grassetto è quello che (a mio parere) che causa l'errore. L'errore in questione è verbose:

org.postgresql.util.PSQLException: ERROR: column am.amcanorder does not exist 
    Position: 407 
     at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.receiveErrorResponse(QueryExecutorImpl.java:2161) 
     at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.processResults(QueryExecutorImpl.java:1890) 
     at org.postgresql.core.v3.QueryExecutorImpl.execute(QueryExecutorImpl.java:255) 
     at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.execute(AbstractJdbc2Statement.java:559) 
     at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.executeWithFlags(AbstractJdbc2Statement.java:403) 
     at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.executeQuery(AbstractJdbc2Statement.java:283) 
     at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2DatabaseMetaData.getIndexInfo(AbstractJdbc2DatabaseMetaData.java:4234) 
     at org.intermine.task.CreateIndexesTask.execute(CreateIndexesTask.java:212) 
     at org.apache.tools.ant.UnknownElement.execute(UnknownElement.java:288)

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2016-07-18 player87

@ErwinBrandstetter aggiornato, anche se credo che il problema sia con PostgreSQL se stessa e non il codice sto correndo ... – player87

E 'un messaggio di errore Postgres di sicuro. La colonna 'amcanorder' non si trova nella tabella' am'. Non ho idea del perché, però. –

Sì, non sono riuscito a trovare alcuna informazione reale, almeno non quello che ho capito. Risponderò alla mia domanda se in qualche modo riuscirò a superare questo errore. – player87

Bene il problema è stato risolto compilando v9.5.3, l'ultima versione stabile in questo momento. In precedenza, stavo usando v9.6beta2 ... che ha un reported error quando si lavora con JDBC & v9.6beta2.

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2016-07-18 03:49:37 player87

Player87 è giusto, funziona semplicemente sostituendo la nuova versione 9.6 * con 9.5. * Del PostgresSQLserver di.
Ma c'è un'altra soluzione. Per un progetto Java, ho anche provato a lasciare PostgresSQLserver su 9.6. * E aggiornato il driver PostgresSQL, dalla versione 9.4-1203 al più recente 9.4-1211. In un file pom.xml Maven:

<postgresql.version>9.4.1211</postgresql.version>

che ha lavorato anche per me.

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2016-10-27 12:40:19 ancab

Grazie tu. Ha funzionato magnificamente Non mi piacciono gli errori non critici riportati nei miei registri. Mi fa sentire a disagio. – Spider

Passare alla versione più recente del driver ha risolto il problema di java. – croraf

L'aggiornamento da 9.4.1208 a 9.4.1211 ha funzionato anche per me. –

Ho affrontato lo stesso problema con SpringBoot e hanno risolto questo aggiornando il mio autista

Per la Primavera di avvio 1.4.0 Ho appena aggiunto il seguente Dipendenza

<dependency> <groupId>org.postgresql</groupId> <artifactId>postgresql</artifactId> </dependency>

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2016-12-12 07:48:02

Questo è vero, ma solo se il progetto è un sottomodulo di avvio a molla, in quanto eredita le dipendenze da Spring Boot. Inoltre, la mancata specifica della versione ha portato all'utilizzo della versione più recente. – russellhoff

Per me (che collega a PostgreSQL da un'applicazione Java/Maven e con lo stesso errore) era un problema di driver.

Aggiornamento del driver PostgreSQL da 9.4-1201-jdbc41 a 42.1.4 risolto. mio Maven dipendenza ora assomiglia a questo:

<dependency> 
     <groupId>org.postgresql</groupId> 
     <artifactId>postgresql</artifactId> 
     <version>42.1.4</version> 
    </dependency>

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2017-09-07 10:36:20 GreenTurtle

Sì. Ho affrontato lo stesso problema, sopra la versione 42.1.4 funziona bene –

Errore PostgreSQL: colonna am.amcanorder inesistente

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