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Installare R su RedHat errori su dipendenze che non esistono

2014-07-11 11 views
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Ho installato R prima su una macchina con RedHat EL6.5, ma recentemente ho avuto un problema nell'installare nuovi pacchetti (ad esempio install.packages()). Dal momento che non riuscivo a trovare una soluzione a questo, ho provato a reinstallare R utilizzando:Installare R su RedHat errori su dipendenze che non esistono

sudo yum remove R

e

sudo yum install R

Ma ora ottengo:

.... 
---> Package R-core-devel.x86_64 0:3.1.0-5.el6 will be installed 
--> Processing Dependency: blas-devel >= 3.0 for package: R-core-devel-3.1.0-5.el6.x86_64 
--> Processing Dependency: libicu-devel for package: R-core-devel-3.1.0-5.el6.x86_64 
--> Processing Dependency: lapack-devel for package: R-core-devel-3.1.0-5.el6.x86_64 
---> Package xz-devel.x86_64 0:4.999.9-0.3.beta.20091007git.el6 will be installed 
--> Finished Dependency Resolution 
Error: Package: R-core-devel-3.1.0-5.el6.x86_64 (epel) 
      Requires: blas-devel >= 3.0 
Error: Package: R-core-devel-3.1.0-5.el6.x86_64 (epel) 
     Requires: lapack-devel 
Error: Package: R-core-devel-3.1.0-5.el6.x86_64 (epel) 
     Requires: libicu-devel 
You could try using --skip-broken to work around the problem 
You could try running: rpm -Va --nofiles --nodigest

ho già controllato e Blas -devel è installato, ma la versione più recente è 0.2.8. Controllato usando:

yum info openblas-devel.x86_64

Qualche idea su cosa sta andando storto? Grazie.

fonte

2014-07-11 Jon

+0

Una ricerca sommaria di 'Blas-devel' in Google mostra che l'ultima versione è almeno la versione 3.2. Probabilmente hai già installato una versione precedente di R, e la versione più recente dipende da una versione di BLAS non disponibile in RedHat? –

+0

Può risolvere questo problema con 'sudo yum install lapack-devel', ecc. Fino a quando gli errori si fermano. – bdemarest

+1

'sudo yum install lapack-devel' non funziona. Restituisce: 'Nessun pacchetto lapack-devel disponibile. Scott - hai ragione che blas-devel non è disponibile in yum. Qual è il modo migliore per risolvere questo problema? – Jon

risposta

7

Ho avuto lo stesso problema. Non certo perché questi pacchetti non sono presenti operazioni pronti contro termine di RHEL, ma sono in CentOS 6.5, per cui la soluzione follow funziona, se si vuole mantenere le cose nel paradigma del pacchetto:

wget http://mirror.centos.org/centos/6/os/x86_64/Packages/lapack-devel-3.2.1-4.el6.x86_64.rpm 
wget http://mirror.centos.org/centos/6/os/x86_64/Packages/blas-devel-3.2.1-4.el6.x86_64.rpm 
wget http://mirror.centos.org/centos/6/os/x86_64/Packages/texinfo-tex-4.13a-8.el6.x86_64.rpm 
wget http://mirror.centos.org/centos/6/os/x86_64/Packages/libicu-devel-4.2.1-9.1.el6_2.x86_64.rpm 
sudo yum localinstall *.rpm

applausi

AGGIORNAMENTO: la risposta di Leon è migliore - vedi sotto.

fonte

2014-08-27 18:33:06 Owen

+0

Quando si installa texinfo-tex-5.1-4.el7.x86_654, si lamenta della necessità di tex (epsd.tex), ma non ho idea di quale sia il pacchetto che lo fornisce. Questo è su RHEL7, ovviamente (e usando i pacchetti CentOS7). – DavidJ

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Stai provando ad installare usando rpm o yum? yum dovrebbe tentare di risolvere le dipendenze. – Owen

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Era yum che si lamentava. Aggiungendo l'analogo repository CentOS a /etc/yum.repos.d temporaneamente e quindi installando solo le dipendenze mancanti, quindi rimuovendolo e installando R risolto il problema. Apparentemente è un problema/bug con le dipendenze del pacchetto RHEL.Dovevo stare attento a garantire che tutti gli altri pacchetti provenissero dai repository RHEL, non da CentOS, quindi non è una buona idea installare R stesso quando il repository CentOS è attivo. – DavidJ

0

La soluzione migliore che ho potuto trovare è stata l'installazione dal sorgente. Questo ha funzionato e non è stato male. Tuttavia, ora non è nel mio gestore di pacchetti.

fonte

2014-08-04 04:49:01 Jon

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