2016-01-10 25 views
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Uso un'installazione Anaconda pronta all'uso per lavorare con Python. Ora ho letto che è possibile anche "includere" il mondo R all'interno di questa installazione e utilizzare il kernel IR all'interno del notebook Jupyter/Ipython .conda - Come installare i pacchetti R che non sono disponibili in "R-essentials"?

ho trovato il comando per installare una serie di famosi pacchetti R: Conda installare -CR R-essenziali

domanda del mio principiante:

Come posso installare pacchetti R che non sono inclusi nel Pacchetto R-essential? Per esempio pacchetti R disponibili su CRAN. "pip" funziona solo con i pacchetti PyPI Python, non è così?

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Se si installano i pacchetti dall'interno della R tramite il normale 'install.packages' (da rispecchia CRAN), o 'devtools :: install_github' (da GitHub), funzionano bene. – alistaire

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Grazie! Forse è il modo più semplice. Aggiungerò il tuo commento alla risposta. – Frank

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@alistaire Per i pacchetti installati tramite 'install.packages' in R, devono essere nella stessa directory con Anaconda? Ho provato a caricare i pacchetti installati in R in Jupyter ma non funziona. Puoi essere più specifico di come funziona? Grazie! – SeanM

risposta

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Ora ho trovato la documentazione:

Questa è la documentazione che spiega come generare pacchetti R che sono disponibili solo nel repository CRAN: https://www.continuum.io/content/conda-data-science

Vai alla sezione "Costruire un conda pacchetto R ".

(Suggerimento: Finché il pacchetto R è disponibile sotto anaconda.org utilizzare questa risorsa Vedi qui:. https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r)

Alistaire 's risposta è un'altra possibilità di aggiungere pacchetti R:

Se si installano i pacchetti dall'interno di R tramite i normali install.packages (dai mirror CRAN) o devtools :: install_github (da GitHub), funzionano correttamente. @alistaire

Come fare questo: Aprire l'installazione R (indipendente), quindi eseguire il comando follwing:

install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library") 

per aggiungere nuovo pacchetto alla libreria R corretta usata da Jupyter, altrimenti la il pacchetto verrà installato in /home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libs citato in .libPaths().

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È anche possibile utilizzare '.libPaths' per impostare il percorso in cui si desidera installare i pacchetti se si passa un argomento; vedi '? .libPaths'. – alistaire

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È anche possibile eseguire 'install.packages' in una cella Jupyter:' install.packages ('nome pacchetto', 'percorso di installazione (che termina con Anaconda3 \ R \ library \ learningr)', repo = 'collegamento repo. Controllare https: //cran.r-project.org/mirrors.html ') '. Il 'repo' è lì poiché è necessario specificare un repository quando si installano i pacchetti in Jupyter, altrimenti si genererà un' tentativo di usare CRAN senza impostare un errore mirror'. – seismatica

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di installare altri pacchetti R su Jupyter oltre R essenziali

install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org') 

Un problema è che il repository specifico è il US.R-Project (come sotto). Ho provato altri e non ha funzionato.

N.B. Sostituire readr con il nome del pacchetto desiderato da installare.

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Ho riscontrato un problema durante il tentativo di installare il pacchetto da github utilizzando install_github("user/package") in conda con r-essentials. Gli errori erano multipli e non descrittivi.

è stato in grado di risolvere un problema utilizzando questi passaggi:

  • scaricare e decomprimere il pacchetto localmente
  • attivare ambiente Conda corretta (se necessario)
  • corsa R da riga di comando
  • library(devtools)
  • install('/path/to/unzipped-package')
  • Comando non riuscito a causa di dipendenze mancanti, ma n come so cosa manca?
  • eseguire install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org') per tutte le dipendenze
  • eseguire di nuovo install('/path/to/unzipped-package'). Ora dovrebbe funzionare!
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Ho trovato una soluzione facile. Suppongo che tu abbia un IDE RStudio per te R. È strano usare RStudio per questo, ma ho provato direttamente da R nel mio terminale e non ha funzionato. Così, in consolle RStudio, basta fare il solito aggiungendo il percorso della directory di Anaconda (in OSX, '/ Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

Così, per esempio,

install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library') 

Mi vergogno di pubblicare una risposta così poco elegante, ma è l'unica che ha funzionato per me.

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Sono sorpreso che questa soluzione ha funzionato per me, ma era davvero così semplice. –

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Ho provato questo e sto ancora ottenendo un errore di stato di uscita diverso da zero. –

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Ho tentato di installare i pacchetti R ggplot2, tidyverse, ecc utilizzando i repository CRAN della riga di comando standard e ho avuto più problemi e problemi.

Tutto da file "init.tcl" inutilizzabili a una stringa di quindici errori di carattere. Sono stato in grado di utilizzare l'installazione di Conda e il sito WWW.Anaconda.org per i dettagli. Questo ha installato pacchetti R all'interno dell'architettura di directory Anaconda che erano eseguibili in ambiente R in terminal, RStudio e R in Jupyter Notebooks di Anaconda Navigator.

ad esempio: conda install -c r r-tidyverse Molto semplice e funzionante la prima volta.
[Su Kubuntu 17.04 con Anaconda Navigator 1.6.2; R versione 3.3.2 (2016-10-31)]

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Questa è una risposta? –

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Qualcuno ha suggerito un modo non elegante attorno ad esso, ma ciò che è elegante finché funziona.

install.packages ('pacchetto', '/ Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

ho trascorso quasi un'intera mattinata alla ricerca di una risposta a questo problema. Sono stato in grado di installare le librerie su RStudio ma non su Jupyter Notebook (hanno versioni diverse di R) La soluzione di cui sopra "quasi" funzionava, è solo che ho trovato che il Notebook Jupyter stava cercando di installarlo in una directory diversa, e segnala quale directory. Quindi l'ho solo modificato e ha funzionato come un fascino ... grazie a Dninhos

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Installa rpy2 con conda e aggiungi la seguente riga nel tuo taccuino Jupyter.

%load_ext rpy2.ipython 

Nel prossimi pezzi, si può semplicemente eseguire qualsiasi codice r specificando% R

Qui di seguito è il mio metodo preferito per installare e/o il pacchetto r carico

%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman") 
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4) 

argomento p_load sarà installa + carica il pacchetto se non è nella tua lib altrimenti lo caricherà semplicemente.

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Ecco una risposta condocentrica. Si basa sulla risposta di Frank e sul sito web continuo: https://www.continuum.io/content/conda-data-science con un po 'più di dettaglio.

Alcuni pacchetti non sono disponibili in r-essenziali sono ancora disponibili sui canali Conda, in questo caso, è semplice:

conda config --add channels r 
conda install r-readxl 

Se avete bisogno di costruire un pacchetto e l'installazione utilizzando Conda:

conda skeleton cran r-xgboost 
conda build r-xgboost 
conda install --use-local r-xgboost 

l'ultima riga è assente nel sito Web continuo perché presuppone che venga prima pubblicata nel repository di anaconda. Senza di esso, nulla verrà inserito nella directory envs/e il pacchetto non sarà accessibile al comando R o Jupyter.

su un Mac, ho trovato importante per installare il compilatore Clang per il pacchetto costruisce:

conda install clangxx_oxs-64 
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Per me questa risposta ha funzionato solo per alcuni pacchetti. Per altri pacchetti ho ricevuto un errore nel secondo passaggio 'conda build r-xgboost'. "make:/home/utente/anaconda3/conda-bld/r-matrixstats_1516727877269/_h_env_placehold_pl/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc: comando non trovato make: *** [/ home/user/anaconda3/conda-bld/r-matrixstats_1516727877269/_h_env_placehold_pl/lib/R/etc/Makeconf: 160: 000.init.o] Errore 127 ERRORE: compilazione non riuscita per il pacchetto 'matrixStats' " – burton030

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@ burton030 Mi sembra di ottenere lo stesso errore con te. Hai trovato qualche soluzione? – ytu

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