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r modifica e ricostruzione pacchetto

2016-01-14 15 views
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Sto cercando di utilizzare il pacchetto SemiMarkov e voglio modificare una piccola riga di codice. Ho fatto qualche ricerca tramite:r modifica e ricostruzione pacchetto

getAnywhere("semiMarkov")

& ho identificato che voglio cambiare questa linea:

hessian <- diag(ginv(hessian(V, solution)))

di provare qualcosa di simile:

hessian <- diag(ginv(pracma::hessian(V, solution)))

Come faccio andare su questo? Ho bisogno di ricostruire il pacchetto da zero, e in tal caso ho bisogno di rTools ecc per questo, o c'è una soluzione semplice (sono un novizio R rilevante)? Ho fatto qualche ricerca online e non riesco a trovare nulla di ovvio. Qualsiasi idea/suggerimento è stata apprezzata con gratitudine.

fonte

2016-01-14 Rob

risposta

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ambiente Linux

partire con il download del pacchetto da fonte CRAN.

Scaricare ed estrarre la fonte:

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/SemiMarkov_1.4.2.tar.gz 
tar -xvzf SemiMarkov_1.4.2.tar.gz

Ciò dovrebbe tradursi in una directory chiamata SemiMarkov . Aprire la fonte (cd SemiMarkov) e modificare secondo necessità.

Avanti, costruire le modifiche:

cd .. 
R CMD build SemiMarkov/

questo si tradurrà in un nuovo file di archivio chiamato SemiMarkov_1.4.2.tar.gz.

Infine, installare l'archivio modificato:

R CMD INSTALL SemiMarkov_1.4.2.tar.gz

ambiente Windows

sono meno familiarità con la piattaforma Windows. * nix tooling è disponibile in Cygwin, ma è doloroso. Invece, come fa notare Josh O'Brien, dovresti seguire lo Windows-specific instructions nel Manuale di installazione e amministrazione di R.

fonte

2016-01-14 22:01:14 blong

+1

@Rob Il consiglio generale qui (che dovresti compilare una versione modificata del pacchetto) è ottimo.Come utente di lunga data di me stesso, però, chi ha scritto e modificato molti pacchetti, mi consiglierebbe molto fortemente ** di non provare a farlo con Cygwin. –

+1

Invece, dovresti * attentamente * seguire le [istruzioni specifiche per Windows] (https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#The-Windows-toolset) nel manuale di installazione e amministrazione R. (L'appendice allegata osserva, "* Questa appendice contiene molti commenti prescrittivi. Sono qui a seguito di un'esperienza amara." * Ti suggerisco di prendere sul serio questo avvertimento, se vuoi un'esperienza relativamente senza dolore!) Una volta ottenuto il set di strumenti appropriato, l'installazione del pacchetto modificato sarà semplice come eseguire 'devtools :: install (" SemiMarkov ")'. –

+0

Great pionts @ JoshO'Brien :) Spero non ti dispiaccia, ho aggiornato la mia risposta con il tuo contenuto. Sentiti libero di modificarlo! – blong

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Se si desidera semplicemente testare l'effetto di tale modifica in una sessione R interattiva, è possibile farlo utilizzando trace(). Ecco come:

  1. Tipo trace("semiMarkov", edit=TRUE)
  2. Nel editor di testo che che lancia, modificare la riga di interesse.
  3. Salvare il file modificato.
  4. Chiudere l'editor di testo
  5. Indietro in R, utilizzare la funzione modificata.

fonte

2016-01-14 22:06:05

+0

Mille grazie, questo è davvero molto utile per un rapido metodo di test e molto semplice! – Rob

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