Downgrade versione R e pacchetto R Bioconductor

Question

Ciao a tutti sto eseguendo R 3.0.2 su un server debian con Bioconductor v2.13. La mia domanda è semplice anche se la ricerca attraverso Internet non mi ha fornito una risposta chiara:

Come posso effettuare il downgrade da R 3.0.2. a R 2-15?

Considerando che tengo R 3.0.2 come posso eseguire il downgrade di Bioconductor alla v2.12?

Grazie in anticipo,

Answer 1

In generale, Bioconductor è progettato per funzionare con le versioni specifiche di R, quindi non ci sono garanzie associati all'utilizzo di versioni precedenti di Bioconductor (o qualsiasi pacchetto R) con le nuove versioni di R. È meglio porre domande sui pacchetti di bioconduttori sul bioconduttore mailing list. Probabilmente stai dicendo che c'è qualche problema con la tua attuale installazione di Bioconductor, e quello che faresti meglio a fare è risolvere il problema.

Controllare LibPath di installed.packages() e confrontare con l'output di .libPaths(). Ho

> head(installed.packages()[,"LibPath"], 1) 
                affy 
"/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0" 
> .libPaths() 
[1] "/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0" 
[2] "/home/mtmorgan/bin/R-3-0-branch/library" 

Buone notizie! Tutti i miei pacchetti Bioc sono in una libreria specifica. Potrei poi organizzare (vedi ?.libPaths) per avviare R con .libPaths che punta a una nuova posizione per Bioc 2.12 pacchetti, ad esempio,

R_LIBS_USER="/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0-2.12" R 

quindi installare esplicitamente la versione del pacchetto BiocInstaller voglio usare, per esempio,

install.packages("BiocInstaller", 
    repos="http://bioconductor.org/packages/2.12/bioc") 

e library(BiocInstaller); biocLite() come al solito.

Se i miei pacchetti Bioconductor sono stati installati nella directory R casa, poi mi piacerebbe remove.packages() invece di impostare .libPaths(), o mi piacerebbe correre BiocInstaller::biocValid() e seguire le indicazioni per un ritorno "anche nuovi" pacchetti.