Come modificare i nomi delle etichette di graduazione sull'asse x, l'ordine e il colore del riquadro con l'immagine usando ggplot?

Question

Ho una cartella contenente i file CSV, ciascuna con due colonne di dati ad esempio:

0,red 
15.657,red 
0,red 
0,red 
4.429,red 
687.172,green 
136.758,green 
15.189,red 
0.152,red 
23.539,red 
0.348,red 
0.17,blue 
0.171,red 
0,red 
61.543,green 
0.624,blue 
0.259,red 
338.714,green 
787.223,green 
1.511,red 
0.422,red 
9.08,orange 
7.358,orange 
25.848,orange 
29.28,orange 

Sto usando il seguente codice R per generare i grafici a scatole:

files <- list.files(path="D:/Ubuntu/BoxPlots/test/", pattern=NULL, full.names=F, recursive=FALSE) 
files.len<-length(files) 
col_headings<-c("RPKM", "Lineage") 

for (i in files){ 
    i2<-paste(i,"png", sep=".") 
    boxplots<-read.csv(i, header=FALSE) 
    names(boxplots)<-col_headings 
    png(i2) 
    bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) 
    print(bplot) 
    graphics.off() 
} 

Ora voglio cambiare il colore dei riquadrati per abbinare le loro etichette di colore dell'asse x corrispondente. Voglio anche cambiare i nomi delle etichette dell'asse xe il loro ordine. C'è un modo per farlo usando ggplot o qplot?

Answer 1

Costruzione off di risposta @ dell'ombra, ecco come è possibile modificare manualmente le etichette dell'asse x. Ho anche buttato in un paio di altre modifiche che contribuiscono a migliorare l'aspetto del grafico e leggenda:

colorder <- c("green", "orange", "red", "blue") 
bplot<-ggplot(temp, aes(Lineage, RPKM)) + 
    geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
    geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
    scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points) 
        limits=colorder, 
        values=colorder, 
        labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4"), 
        name="Group") + 
    scale_fill_manual(breaks=colorder, # fill scale (for boxes) 
        limits=colorder, 
        values=colorder, 
        labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4") 
        name="Group") + 
    scale_x_discrete(limits=colorder,labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")) + 
    theme_bw() 

Aggiunta l'opzione labels alla scale_x_discrete livello della trama consente di modificare le etichette degli assi. L'aggiunta di labels a entrambi gli standard scale_fill_manual e scale_color_manual consente di modificare le etichette delle legende. L'aggiunta di name a entrambi consente di modificare l'intestazione della legenda. Infine, ho aggiunto theme_bw() alla trama per rendere lo sfondo bianco e aggiungere un bordo attorno alla trama. Spero possa aiutare!

Answer 2

Sì, puoi farlo. Utilizzare scale_color_manual, scale_fill_manual e scale_x_discrete come segue:

# specify colors and order 
colorder <- c("green", "orange", "red", "blue") 
bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + 
    geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
    geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
    scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points) 
        limits=colorder, 
        values=colorder) + 
    scale_fill_manual(breaks=colorder, # fill scale (for boxes) 
        limits=colorder, 
        values=colorder) + 
    scale_x_discrete(limits=colorder) # order of x-axis