Disattiva avvisi provenienti da SciPy

Question

Come ho integrare una funzione in diversi valori dei parametri, incontro spesso errori come:

lsoda-- warning..internal t (=r1) and h (=r2) are 
    such that in the machine, t + h = t on the next step 
    (h = step size). solver will continue anyway 

Pur comprendendo gli aspetti tecnici del l'errore, io sono in perdita quanto a come mi potrebbe impedire che venga stampato su stdout. Ho esaminato numpy.seterr(), ma poiché questo messaggio di errore sembra essere generato dal codice C/Fortran sottostante non ha alcun effetto. E mentre python script.py > /dev/null è efficace, ovviamente nasconde anche altre informazioni utili che potrebbero essere stampate.

C'è qualche modo per disabilitare questi avvisi e errori lsoda o impedire altrimenti che vengano stampati su stdout?

Answer 1

Utilizzando J.F. Sebastian's stdout_redirected, è possibile reindirizzare lo stdout al livello del descrittore di file in os.devnull.

with stdout_redirected(): 
    soln2 = integrate.odeint(f, y2, t2, mxstep = 5000) 

Al di fuori della with-statement, stdout viene comunque stampato. All'interno dello with-suite, lo stdout è soppresso.

Ad esempio, qui è Caeiro's odeint example i cui avvisi di lsoda sono soppressi con stdout_redirected.

import os 
import sys 
import contextlib 
import numpy as np 
import scipy.integrate as integrate 
from numpy import pi 

def fileno(file_or_fd): 
    fd = getattr(file_or_fd, 'fileno', lambda: file_or_fd)() 
    if not isinstance(fd, int): 
     raise ValueError("Expected a file (`.fileno()`) or a file descriptor") 
    return fd 

@contextlib.contextmanager 
def stdout_redirected(to=os.devnull, stdout=None): 
    """ 
    https://stackoverflow.com/a/22434262/190597 (J.F. Sebastian) 
    """ 
    if stdout is None: 
     stdout = sys.stdout 

    stdout_fd = fileno(stdout) 
    # copy stdout_fd before it is overwritten 
    #NOTE: `copied` is inheritable on Windows when duplicating a standard stream 
    with os.fdopen(os.dup(stdout_fd), 'wb') as copied: 
     stdout.flush() # flush library buffers that dup2 knows nothing about 
     try: 
      os.dup2(fileno(to), stdout_fd) # $ exec >&to 
     except ValueError: # filename 
      with open(to, 'wb') as to_file: 
       os.dup2(to_file.fileno(), stdout_fd) # $ exec > to 
     try: 
      yield stdout # allow code to be run with the redirected stdout 
     finally: 
      # restore stdout to its previous value 
      #NOTE: dup2 makes stdout_fd inheritable unconditionally 
      stdout.flush() 
      os.dup2(copied.fileno(), stdout_fd) # $ exec >&copied 


#Constants and parameters 
alpha=1/137. 
k=1.e-9  
T=40.  
V= 6.e-6 
r = 6.9673e12 
u = 1.51856e7 

#defining dy/dt's 
def f(y, t): 
     A, B, C, D, E = y 
     # the model equations 
     f0 = 1.519e21*(-2*k/T*(k - (alpha/pi)*(B+V))*A) 
     f1 = ((3*B**2 + 3*C**2 + 6*B*C + 2*pi**2*B*T + pi**2*T**2)**-1 
      *(-f0*alpha/(3*pi**3) - 2*r*(B**3 + 3*B*C**2 + pi**2*T**2*B) 
       - u*(D**3 - E**3))) 
     f2 = u*(D**3 - E**3)/(3*C**2) 
     f3 = -u*(D**3 - E**3)/(3*D**2) 
     f4 = u*(D**3 - E**3)/(3*E**2) + r*(B**3 + 3*B*C**2 + pi**2*T**2*B)/(3*E**2) 
     return [f0, f1, f2, f3, f4] 


t = np.linspace(1e-15, 1e-10, 1000000) # time grid 
y2 = [2e13, 0, 50, 50, 25] 
t2 = np.linspace(1.e-10, 1.e-5, 1000000) 

with stdout_redirected(): 
    soln2 = integrate.odeint(f, y2, t2, mxstep = 5000) 

Gli avvisi che lsoda scrive su stdout vengono soppressi.