gruppi di cattura in sed

Question

Ho molte linee di forma

ko04062 ko:CXCR3 
ko04062 ko:CX3CR1 
ko04062 ko:CCL3 
ko04062 ko:CCL5 
ko04080 ko:GZMA 

e sarebbe caro vuole sbarazzarsi del ko: bit della colonna di destra. Sto cercando di usare sed, come segue:

echo "ko05414 ko:ITGA4" | sed 's/\(^ko\d{5}\)\tko:\(.*$\)/\1\2/' 

che emette semplicemente la stringa originale che echo'd. Sono molto nuovo nello scripting da riga di comando, sed, pipe ecc. Quindi per favore non essere troppo arrabbiato se/quando sto facendo qualcosa di estremamente stupido.

La cosa principale che mi confonde è che la stessa cosa accade se inverto il bit \1\2 per leggere \2\1 o semplicemente utilizzare un gruppo. Questo, immagino, implica che mi manchi qualcosa sui meccanismi di convogliare l'output di eco in sed, o che il mio regexp è sbagliato o che sto usando sed torto o che sed non sta stampando i risultati della sostituzione .

Qualsiasi aiuto sarebbe molto apprezzato!

Answer 1

sed sta emettendo il proprio input perché la sostituzione non corrisponde. Dal momento che probabilmente stai usando GNU sed, provate questo:

echo "ko05414  ko:ITGA4" | sed 's/\(^ko[0-9]\{5\}\)\tko:\(.*$\)/\1\2/' 

• \ d -> [0-9] dal sed GNU non riconosce \ d
• {} -> \ {\} poiché GNU sed di default usa espressioni regolari di base.

Answer 2

Questo dovrebbe farlo. Puoi anche saltare l'ultimo gruppo e usare semplicemente, \1, ma poiché stai imparando sed e regex, questa è roba buona. Volevo utilizzare un gruppo non catturante nel mezzo (:?) ma non sono riuscito a farlo giocare con sed per qualsiasi motivo, forse non è supportato.

sed --posix 's/\(^ko[0-9]\{5\}\)\(ko:\)\(.*$\)/\1 \3/g' file > result 

e naturalmente è possibile utilizzare

sed --posix 's/ko://' 

Answer 3

Non c'è bisogno sed per questo

Ecco come si può fare con bash:

var="ko05414 ko:ITGA4" 
echo ${var//"ko:"} 

$ {var // "ko:"} sostituisce tutti "ko:" con ""

Vedi Manipulating Strings per ulteriori informazioni

Answer 4

@OP, se si vuole solo sbarazzarsi di "Ko:", quindi

$ cat file 
ko04062 ko:CXCR3 
ko04062 ko:CX3CR1 
ko04062 ko:CCL3 
ko04062 ko:CCL5 
some text with a legit ko: this ko: will be deleted if you use gsub. 
ko04080 ko:GZMA 

$ awk '{sub("ko:","",$2)}1' file 
ko04062 CXCR3 
ko04062 CX3CR1 
ko04062 CCL3 
ko04062 CCL5 
some text with a legit ko: this ko: will be deleted if you use gsub. 
ko04080 GZMA 

jsut una nota. Mentre è possibile utilizzare la sostituzione pura della stringa bash, è solo più efficiente quando si modifica una singola stringa. Se si dispone di un file, in particolare di un file di grandi dimensioni, l'uso di bash durante il ciclo di lettura è ancora più lento rispetto all'utilizzo di sed o awk.