python matplotlib - contorno del profilo - intervalli di confidenza

Question

Sto provando a tracciare contorni (eseguibili) su una griglia di dati utilizzando matplotlib.pyplot.contour, ma con i contorni posizionati a 1, 2 e 3 sigma lontano dal valore di picco . C'è un modo pulito per fare questo oltre alla forza bruta? Grazie!

versione

Python è

Python 2.7.2 | EPD 7.2-2 (64-bit) | (predefinito, 7 settembre 2011, 16:31:15) [GCC 4.0.1 (Apple Inc. build 5493)] su darwin

Answer 1

È possibile specificare un elenco di z-values dove vengono disegnati i contorni. Quindi tutto ciò che devi fare è raccogliere il z-values corretto per la tua distribuzione. Ecco un esempio di '1, 2, e 3 sigma dal valore di picco':

Codice:

import numpy as np 
import matplotlib.cm as cm 
import matplotlib.mlab as mlab 
import matplotlib.pyplot as plt 

#Set up the 2D Gaussian: 
delta = 0.025 
x = np.arange(-3.0, 3.0, delta) 
y = np.arange(-3.0, 3.0, delta) 
X, Y = np.meshgrid(x, y) 
sigma = 1.0 
Z = mlab.bivariate_normal(X, Y, sigma, sigma, 0.0, 0.0) 
#Get Z values for contours 1, 2, and 3 sigma away from peak: 
z1 = mlab.bivariate_normal(0, 1 * sigma, sigma, sigma, 0.0, 0.0) 
z2 = mlab.bivariate_normal(0, 2 * sigma, sigma, sigma, 0.0, 0.0) 
z3 = mlab.bivariate_normal(0, 3 * sigma, sigma, sigma, 0.0, 0.0) 

plt.figure() 
#plot Gaussian: 
im = plt.imshow(Z, interpolation='bilinear', origin='lower', 
       extent=(-50,50,-50,50),cmap=cm.gray) 
#Plot contours at whatever z values we want: 
CS = plt.contour(Z, [z1, z2, z3], origin='lower', extent=(-50,50,-50,50),colors='red') 
plt.savefig('fig.png') 
plt.show()