Funzioni per l'eliminazione di un grafico NetworkX?

Question

Sto usando NetworkX per generare grafici di alcuni dati rumorosi. Mi piacerebbe "ripulire" il grafico rimuovendo i rami spuri e sperando di evitare di reinventare la ruota.

Ad esempio, l'immagine collegata mostra un esempio di grafici, come nodi colorati collegati da linee grigie. Vorrei sfoltire i nodi/i bordi indicati dalle caselle bianche: http://www.broadinstitute.org/~mbray/example_tree.png

In sostanza, i nodi/i bordi da rimuovere sono rami in genere solo pochi nodi (< 3) di lunghezza. Rimuovendoli, spero di avere un albero con un minimo di ramificazione, ma i rami che rimangono sono "opportunamente" lunghi.

Prima di iniziare la creazione del codice per esaminare i sottoalberi per la rimozione, ci sono funzioni NetworkX che possono essere utilizzate per questo scopo?

Answer 1

È possibile utilizzare il punteggio betweenness_centrality dei nodi. Se il nodo con un punteggio di centralità basso è connesso a un nodo con punteggio di centralità notevolmente più alto e presenta 3 spigoli, è possibile rimuovere il nodo di centralità basso. (il resto dei nodi connessi < non sono più collegati al grafico principale.).

Avrete bisogno di sperimentare con la frase "notevolmente più alta".