visualizzazione grafico di grandi dimensioni con python e networkx

Question

Ho problemi con la visualizzazione di grafici di grandi dimensioni in python e networkx. Il grafico che si desidera visualizzare è diretto e ha una dimensione del bordo e del vertice di 215.000 Dalla documentazione (che è collegata alla pagina principale) è chiaro che networkx supporta la stampa con matplotlib e GraphViz. In matplotlib e NetworkX il disegno è fatto come segue:

import 
networkx as nx 
import matplotlib.pyplot as plt 
#Let g be a graph that I created 
nx.draw(g) 

ottengo un errore di memoria dopo nx.draw(g), poi si farebbe normalmente plt.show() o PLT [una_qualche_funzione] per salvare il file in un formato per un efficiente e così via. .

Successivamente ho provato GraphViz. Dal wikipedia page il formato dot viene utilizzato per grafi orientati e ho creato un file di punti:

nx.write_dot(g, "g.dot") 

Questo ha funzionato bene e ho avuto un file di punti nella mia directory corrente che è di 12 megabyte. Poi ho fatto funzionare il programma di dot (parte di graphviz per creare un file PostScript):

dot -Tps g.dot -o g.ps 

Questo rallenta il mio computer, corre per qualche minuto e quindi visualizzare Killed nel terminale. Quindi non ha mai potuto eseguire ... Durante la lettura della documentazione per graphviz sembra che solo i grafici non orientati fossero supportati per la visualizzazione di grafici di grandi dimensioni.

Domanda: Con questi due tentativi falliti qualcuno può mostrarmi come visualizzare il mio grafico di grandi dimensioni utilizzando Python e NetworkX con circa 215.000 vertici e 215.000 bordi? Ho il sospetto che con Graphviz dovrò produrre un formato intermedio (anche se questo non dovrebbe essere così difficile non sarà facile come una funzione integrata) e poi usare un altro strumento per leggere il formato intermedio e quindi produrre una visualizzazione .

Quindi, sto cercando il seguente:

1. grafico di uscita da NetworkX in un formato intermedio
2. Con nuovo pacchetto/software/strumento (idealmente python-interattivo) leggere il formato intermedio e visualizzare la grande grafico

Se hai bisogno di maggiori informazioni fammi sapere!

Answer 1

from matplotlib import pylab 
import networkx as nx 

def save_graph(graph,file_name): 
    #initialze Figure 
    plt.figure(num=None, figsize=(20, 20), dpi=80) 
    plt.axis('off') 
    fig = plt.figure(1) 
    pos = nx.spring_layout(graph) 
    nx.draw_networkx_nodes(graph,pos) 
    nx.draw_networkx_edges(graph,pos) 
    nx.draw_networkx_labels(graph,pos) 

    cut = 1.00 
    xmax = cut * max(xx for xx, yy in pos.values()) 
    ymax = cut * max(yy for xx, yy in pos.values()) 
    plt.xlim(0, xmax) 
    plt.ylim(0, ymax) 

    plt.savefig(file_name,bbox_inches="tight") 
    pylab.close() 
    del fig 

#Assuming that the graph g has nodes and edges entered 
save_graph(g,"my_graph.pdf") 

#it can also be saved in .svg, .png. or .ps formats 

Questo risponde al primo problema. Networkx non ha la possibilità di ingrandire i nodi. Usa Gephi per questa funzionalità. Gephi accetta un elenco di spigoli nel formato CSV e produce una visualizzazione, in cui lo zoom può essere fatto in modo interattivo.