Come imporre il position_dodge di ggplot su categorie senza dati?

Question

Sto provando a usare position_dodge su ggplot per ottenere grafici a scatole di due segnali diversi (ind) che condividono le stesse categorie (cat). Quando esiste una categoria con dati per un segnale ma non per l'altro, il grafico a scatole per il segnale con dati copre tutta la spaziatura orizzontale e non rispetta l'istruzione position_dodge per quella particolare categoria. C'è un modo per fare ggplot per far rispettare la regola di schivare? Come puoi vedere nell'esempio qui sotto, il segnale x non ha dati per la categoria B, quindi perde lo spazio riservato da position_dodge. Vorrei evitarlo.

Grazie in anticipo.

data<-data.frame(cat=c('A','A','A','A','B','B','A','A','A','A','B','B'), 
       values=c(3,2,1,4,NA,NA,4,5,6,7,8,9), 
       ind=c('x','x','x','x','x','x','y','y','y','y','y','y')) 

print(ggplot() + 
     scale_colour_hue(guide='none') + 
     geom_boxplot(
      aes(x=as.factor(cat), y=values, 
       fill=ind), 
      position=position_dodge(width=.60), 
      data=data, 
      outlier.size = 1.2, 
      na.rm=T)) 

CORSO AGGIORNAMENTO

Dopo alcune soluzioni, mi si avvicinò con il risultato che cercavo ... (tipo di)

data   <- data.frame(
cat=c('A','A','A','A','B','B','A','A','A','A','B','B','B'), 
values=c(3,2,1,4,NA,NA,4,5,6,7,8,9, 0), 
ind=c('x','x','x','x','x','x','y','y','y','y','y','y','x')) 

p <- ggplot() + 
     scale_colour_hue(guide='none') + 
     geom_boxplot(aes(x=as.factor(cat), y=values, fill=ind), 
     position=position_dodge(width=.60), 
     data=data, 
     outlier.size = 1.2, 
     na.rm=T) + 
     geom_line(aes(x=x, y=y), 
       data=data.frame(x=c(0,3),y=rep(0,2)), 
       size = 1, 
       col='white') 
print(p) 

Alcune persone consigliavano di utilizzare la sfaccettatura per l'effetto I w anted. La sfaccettatura non mi dà l'effetto che sto cercando. Il grafico finale che cercavo è il seguente:

Se si nota, il principale segno di spunta bianco in y = 10 è più spessa rispetto agli altri segni di graduazione. Questa linea più spessa è la geom_line con size = 1 che nasconde i boxplot indesiderati.

Vorrei poter combinare più oggetti geom in modo più uniforme. Ho segnalato questo come un bug sul github di Hadley, ma Hadley ha detto che questo è il modo in cui position_dodge si comporta in base alla progettazione. Immagino che sto usando ggplot2 in un modo non standard e soluzioni alternative sono il modo per andare su questo tipo di problemi. Comunque, spero che questo aiuti alcuni membri della R a spingere un po 'più in là la grande funzionalità di ggplot.

Answer 1

Dopo alcune soluzioni, mi si avvicinò con il risultato che cercavo ... (tipo di)

data   <- data.frame(
cat=c('A','A','A','A','B','B','A','A','A','A','B','B','B'), 
values=c(3,2,1,4,NA,NA,4,5,6,7,8,9, 0), 
ind=c('x','x','x','x','x','x','y','y','y','y','y','y','x')) 

p <- ggplot() + 
     scale_colour_hue(guide='none') + 
     geom_boxplot(aes(x=as.factor(cat), y=values, fill=ind), 
     position=position_dodge(width=.60), 
     data=data, 
     outlier.size = 1.2, 
     na.rm=T) + 
     geom_line(aes(x=x, y=y), 
       data=data.frame(x=c(0,3),y=rep(0,2)), 
       size = 1, 
       col='white') 
print(p) 

Alcune persone raccomandate utilizzando sfaccettatura per l'effetto che volevo. La sfaccettatura non mi dà l'effetto che sto cercando. Il grafico finale che cercavo è il seguente:

Se si nota, il principale segno di spunta bianco in y = 10 è più spessa rispetto agli altri segni di graduazione. Questa linea più spessa è la geom_line con size = 1 che nasconde i boxplot indesiderati.

Vorrei poter combinare più oggetti geom in modo più uniforme. Ho segnalato questo come un bug sul github di Hadley, ma Hadley ha detto che questo è il modo in cui position_dodge si comporta in base alla progettazione. Immagino che sto usando ggplot2 in un modo non standard e soluzioni alternative sono il modo per andare su questo tipo di problemi. Comunque, spero che questo aiuti alcuni membri della R a spingere un po 'più in là la grande funzionalità di ggplot.

Answer 2

x di B non ha valori, quindi è possibile aggiungere "B", 0, "x" che indica essenzialmente che non esiste alcuna distribuzione di "valori" per x di B. La mediana e altri percentili sono pari a zero.

data<-data.frame(cat=c('A','A','A','A','B','B','A','A','A','A','B','B','B'), 
      values=c(3,2,1,4,NA,NA,4,5,6,7,8,9,0), 
      ind=c('x','x','x','x','x','x','y','y','y','y','y','y','x')) 

Inoltre non c'è bisogno di aggiungere parametri di posizione qui, perché se si considera come un fattore x, ggplot - geom_boxplot saranno automagicamente schivare ai lati.

print(ggplot() + 
    scale_colour_hue(guide='none') + 
    geom_boxplot(aes(x=as.factor(cat), y=values, fill=ind), 
    data=data, 
    outlier.size = 1.2, 
    na.rm=T)) 

Answer 3

Ho appena ricevuto un indizio per utilizzare sfaccettatura da uno dei commenti postati da Hadley al suo git site, quindi i crediti va a Hadley, il manutentore del pacchetto di ggplot2!

Vedere se questo è quello che volevi.Per ulteriori informazioni sulle opzioni sull'impostazione i baffi ed altri in questa trama, controllare questa pagina di aiuto nel pacchetto ggplot2:

?stat_boxplot 

data<-data.frame(cat=c('A','A','A','A','B','B','A','A','A','A','B','B'), 
      values=c(3,2,1,4,NA,NA,4,5,6,7,8,9), 
      ind=c('x','x','x','x','x','x','y','y','y','y','y','y')) 

p <- ggplot(data = data, aes(factor(cat), values))      
p + stat_boxplot(geom="boxplot", position = "dodge", width = 0.60, na.rm = TRUE) + facet_grid(.~ind) 

per aggiungere colori alla trama, che a mio parere è uno ridondante come si è già sfaccettatura della trama basata sulla variabile "ind", provate questo:

p <- ggplot(data, aes(factor(cat), values, fill = ind))      
p + stat_boxplot(geom="boxplot", position = "dodge", width = 0.60, na.rm = TRUE) + facet_grid(.~ind) 

HTH !