È possibile combinare position_jitter con position_dodge?

Question

Sono diventato molto affezionato grafici a scatole in cui jittered punti sono overlain sopra i grafici a scatole per rappresentare i dati effettivi, come di seguito:

set.seed(7) 
l1 <- gl(3, 1, length=102, labels=letters[1:3]) 
l2 <- gl(2, 51, length=102, labels=LETTERS[1:2]) # Will use this later 
y <- runif(102) 
d <- data.frame(l1, l2, y) 

ggplot(d, aes(x=l1, y=y)) + 
    geom_point(position=position_jitter(width=0.2), alpha=0.5) + 
    geom_boxplot(fill=NA) 

(Questi sono particolarmente utili quando ci sono molto diversi numeri di punti dati in ciascuna casella.)

Mi piacerebbe utilizzare questa tecnica quando sto anche (implicitamente) utilizzando position_dodge per separare i grafici a scatole da una seconda variabile, ad es.

ggplot(d, aes(x=l1, y=y, colour=l2)) + 
    geom_point(position=position_jitter(width=0.2), alpha=0.5) + 
    geom_boxplot(fill=NA) 

Tuttavia, non si può capire come schivare i punti dal colour variabile (qui, l2) e li tremare.

Answer 1

Ecco un approccio che esegue manualmente il jitter e lo schivare.

# a plot with no dodging or jittering of the points 
dp <- ggplot(d, aes(x=l1, y=y, colour=l2)) + 
    geom_point(alpha=0.5) + 
    geom_boxplot(fill=NA) 

# build the plot for rendering 
foo <- ggplot_build(dp) 
# now replace the 'x' values in the data for layer 1 (unjittered and un-dodged points) 
# with the appropriately dodged and jittered points 
foo$data[[1]][['x']] <- jitter(foo$data[[2]][['x']][foo$data[[1]][['group']]],amount = 0.2) 
# now draw the plot (need to explicitly load grid package) 
library(grid) 
grid.draw(ggplot_gtable(foo)) 
# note the following works without explicitly loading grid 
plot(ggplot_gtable(foo)) 

Answer 2

Non penso che ti piacerà, ma non ho mai trovato un modo per aggirare questo tranne per produrre i tuoi valori x per i punti. In questo caso:

d$l1.num <- as.numeric(d$l1) 
d$l2.num <- (as.numeric(d$l2)/3)-(1/3 + 1/6) 
d$x <- d$l1.num + d$l2.num 

ggplot(d, aes(l1, y, colour = l2)) + geom_boxplot(fill = NA) + 
    geom_point(aes(x = x), position = position_jitter(width = 0.15), alpha = 0.5) + theme_bw() 

E 'certamente una lunga strada da ideale, ma diventa routine abbastanza rapidamente. Se qualcuno ha una soluzione alternativa, sarei molto felice!

Answer 3

Un'altra opzione sarebbe quella di utilizzare sfaccettature:

set.seed(7) 
    l1 <- gl(3, 1, length=102, labels=letters[1:3]) 
    l2 <- gl(2, 51, length=102, labels=LETTERS[1:2]) # Will use this later 
    y <- runif(102) 
    d <- data.frame(l1, l2, y) 

    ggplot(d, aes(x=l1, y=y, colour=l2)) + 
    geom_point(position=position_jitter(width=0.2), alpha=0.5) + 
    geom_boxplot(fill=NA) + 
    facet_grid(.~l2) + 
    theme_bw() 

Siamo spiacenti, non disponiamo abbastanza punti per inviare il grafico risultante.

Answer 4

Il nuovo position_jitterdodge() funziona per questo. Tuttavia, esso richiede il riempimento estetica per dirgli come punti di gruppo, in modo da avere per specificare un riempimento manuale per ottenere scatole incolore:

ggplot(d, aes(x=l1, y=y, colour=l2, fill=l2)) + 
    geom_point(position=position_jitterdodge(width=0.2), alpha=0.5) + 
    geom_boxplot() + scale_fill_manual(values=rep('white', length(unique(l2))))