Come posso gestire un "foro orfano" in uno shapefile poligonale in R o ArcGIS?

Question

Sto cercando di creare una sovrapposizione spaziale tra due poligoni ("grd" e "range") usando la funzione over (rgeos).

Questo codice funziona per tutti i file tranne uno:

range.grd.overlay <- grd[!is.na(over(grd, range)), ]@data$grdID # get gridcells that overlap with range 

e ottenere questo messaggio di errore:

Error in createPolygonsComment(p) : 
    rgeos_PolyCreateComment: orphaned hole, cannot find containing polygon for hole at index 9 

Capisco che c'è un buco, senza un poligono che circonda da qualche parte nel shapefile, ma Non riesco a capire come aggirarlo. Posso semplicemente cancellare il foro nell'indice 9? Come ? Se si dispone di una soluzione per correggere lo shapefile in ArcGIS, anche per me andrebbe bene.

Grazie mille in anticipo per il vostro aiuto !!

saluti, Carsten

Answer 1

Sia grd e range sono della classe SpatialPolygonsDataFrame.

range ha una struttura come questa:

> str(range) 
Formal class 'SpatialPolygonsDataFrame' [package "sp"] with 5 slots 
    ..@ data  :'data.frame': 3 obs. of 17 variables: 
    .. ..$ OBJECTID : int [1:3] 725 726 727 
    .. ..$ SPCRECID : int [1:3] 3313 3313 3313 
    .. ..$ DATE_  : Factor w/ 1 level "19/10/2009": 1 1 1 
    .. ..$ SCINAME : Factor w/ 1 level "Synthliboramphus antiquus": 1 1 1 
    .. ..$ SOURCE : Factor w/ 1 level "Gaston & Jones, 1998; Brazil, 2009": 1 1 1 
    .. ..$ PRESENCE : int [1:3] 1 1 1 
    .. ..$ ORIGIN : int [1:3] 1 1 1 
    .. ..$ SEASONAL : int [1:3] 2 1 3 
    .. ..$ DATA_SENS : Factor w/ 0 levels: NA NA NA 
    .. ..$ SENS_COMM : Factor w/ 0 levels: NA NA NA 
    .. ..$ COMPILER : Factor w/ 1 level "Philip Taylor (BirdLife International)": 1 1 1 
    .. ..$ TAX_COM : Factor w/ 0 levels: NA NA NA 
    .. ..$ DIST_COM : Factor w/ 0 levels: NA NA NA 
    .. ..$ REVIEWERS : Factor w/ 0 levels: NA NA NA 
    .. ..$ CITATION : Factor w/ 1 level "BirdLife International and Natureserve (2011) Bird species distribution maps of the world.": 1 1 1 
    .. ..$ SHAPE_Leng: num [1:3] 190 209 1240 
    .. ..$ SHAPE_Area: num [1:3] 39 16.6 600.8 
    .. ..- attr(*, "data_types")= chr [1:17] "N" "N" "C" "C" ... 
    ..@ polygons :List of 3 
    .. ..$ :Formal class 'Polygons' [package "sp"] with 5 slots 
    .. .. .. ..@ Polygons :List of 138 
    .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots 
    .. .. .. .. .. .. ..@ labpt : num [1:2] 178.6 51.8 
    .. .. .. .. .. .. ..@ area : num 4.58 
    .. .. .. .. .. .. ..@ hole : logi FALSE 
    .. .. .. .. .. .. ..@ ringDir: int 1 
    .. .. .. .. .. .. ..@ coords : num [1:49, 1:2] 180 180 179 179 179 ... 
    .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots 
    .. .. .. .. .. .. ..@ labpt : num [1:2] -172.2 52.6 

... e così via.

grd ha una struttura come questa:

> str(grd) 
Formal class 'SpatialPolygonsDataFrame' [package "sp"] with 5 slots 
    ..@ data  :'data.frame': 40680 obs. of 12 variables: 
    .. ..$ ID  : int [1:40680] 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 ... 
    .. ..$ X_COORD : num [1:40680] -180 -178 -178 -176 -176 ... 
    .. ..$ Y_COORD : num [1:40680] 79.1 79.1 79.1 79.1 79.1 ... 
    .. ..$ ID_1  : Factor w/ 13713 levels "10","10000","10001",..: NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ... 
    .. ..$ grdID  : int [1:40680] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... 
    .. ..$ ROW  : int [1:40680] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... 
    .. ..$ COL  : int [1:40680] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... 
    .. ..$ AREA  : num [1:40680] 12364 12364 12364 12364 12364 ... 
    .. ..$ PERIMETER : num [1:40680] 445 445 445 445 445 ... 
    .. ..$ MAJORITY : int [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
    .. ..$ PROP0_0062: num [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
    .. ..$ AREA_KM2 : num [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
    .. ..- attr(*, "data_types")= chr [1:12] "N" "N" "N" "C" ... 
    ..@ polygons :List of 40680 
    .. ..$ :Formal class 'Polygons' [package "sp"] with 5 slots 
    .. .. .. ..@ Polygons :List of 1 
    .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots 
    .. .. .. .. .. .. ..@ labpt : num [1:2] -179.5 79.1 
    .. .. .. .. .. .. ..@ area : num 5.3 
    .. .. .. .. .. .. ..@ hole : logi FALSE 
    .. .. .. .. .. .. ..@ ringDir: int 1 
    .. .. .. .. .. .. ..@ coords : num [1:13, 1:2] -179 -180 -180 -180 -180 ... 
    .. .. .. ..@ plotOrder: int 1 
    .. .. .. ..@ labpt : num [1:2] -179.5 79.1 

... e così via.

ho trovato questo aiuto da Roger Bivand e questo ha lavorato per due dei tre file problematici:

>slot(shape.input, "polygons") <- lapply(slot(shape.input, "polygons"), checkPolygonsHoles) 
>range.grd.overlay <- grd[!is.na(over(grd, range)), ]@data$grdID # get gridcells of that overlay with range polygon 

ma per il terzo file il fissaggio non ha funzionato. R sarebbe congelare fino alla fine ho premuto Esc, dopo di che vorrei avere lo stesso messaggio di errore quando si cerca di rendere la sovrapposizione spaziale:

Error in createPolygonsComment(p) : 
    rgeos_PolyCreateComment: orphaned hole, cannot find containing polygon for hole at index 13