2013-02-15 12 views
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Uso R versione 2.15.1 (2012-06-22) e versione mgcv 1.7-22Sono noti problemi di compatibilità con il pacchetto R mgcv? Esistono regole generali per la compatibilità?

carico la seguente serie di pacchetti in R:

 

library(sqldf) 
library(timeDate) 
library(forecast) 
library(xts) 
library(tseries) 
library(MASS) 
library(mgcv) 
 

Succede che non posso correre un modello semplice (ometto il codice). Anche il codice di esempio tratto dalle pagine di aiuto:

 

dat = gamSim(1,n=400,dist="normal",scale=2) 
b = gam(y~s(x0)+s(x1)+s(x2)+s(x3),data=dat) 
 

dà un errore:

 

Error in qr.qty(qrc, sm$S[[l]]) : 
    NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 5) 
In addition: Warning message: 
In smoothCon(split$smooth.spec[[i]], data, knots, absorb.cons, scale.penalty = scale.penalty, : 
    number of items to replace is not a multiple of replacement length 
 

Si noti che tutto funziona bene, se ho appena caricare il pacchetto mgcv e quindi utilizzare il codice di esempio subito. Funziona anche se carico tutti i pacchetti ed eseguo il codice di esempio. Semplicemente non funziona se I

  1. carico tutti i pacchetti
  2. fare un po 'di lettura di file, dichiarazioni sqldf, le operazioni di ts e alcuni modelli da pacchetto di previsione.
  3. se poi applico GAM, non funziona più.

Apparentemente le definizioni delle variabili nell'ambiente generale compromettono il funzionamento del pacchetto.

Sono presenti problemi noti? Ci sono delle regole generali che devo obbedire se carico vari pacchetti? Posso scrivere codice che ha "disturbato" il pacchetto mgcv?

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Il tuo passaggio (2) è un po 'vago. Probabilmente avrai bisogno di ridurlo a qualcosa di più specifico che innesca il problema. – joran

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Ho usato per ottenere un messaggio di errore simile quando ho inavvertitamente caricare l'altro pacchetto di gioco con mgcv. Assicurati che non siano entrambi caricati allo stesso tempo – Meso

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@Meso: quale altro pacchetto GAM intendi? – Richard

risposta

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Caricamento mgcv come il primo pacchetto risolto il mio problema ... strano ma vero.

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È una regola generale, che è necessario caricare prima i pacchetti le cui funzioni dovrebbero essere più in alto nella ricerca dei nomi delle funzioni? – Richard

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@ Richard ci sono 2 pacchetti relativi a GAM: gam e mgcv. Il caricamento contemporaneo di entrambe le librerie provoca solitamente un conflitto.

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come punto di partenza, guarda qui sotto "Reverse Depends": http://cran.r-project.org/web/packages/gam/index.html per vedere i pacchetti che caricheranno 'gam' automaticamente: ares, bandit , CausalGAM, ddepn, GAMens, LSC, MapGAM, mtsdi, ProDenICA, pscl, RPPanalyzer, xpose4, xpose4specific –

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@Ben Bolker Ammetto di essermi sbagliato. Mai sentito di nessuno nella lista. Lavoro nell'epidemiologia ambientale e GAM e mgcv sono quelli maggiormente utilizzati. grazie per questo – Meso

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che non significa che tu abbia torto, potrebbe esserci più di un link nella catena, cioè uno di questi pacchetti potrebbe essere caricato da uno degli altri che l'OP ha caricato direttamente ... –

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