2016-06-29 13 views
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L'utilizzo di un BLAS alternativo per R presenta numerosi vantaggi, ad esempio https://cran.r-project.org/web/packages/gcbd/vignettes/gcbd.pdf.Collegamento di Math Kernel Library (MKL) Intel su R su Windows

Microsoft R Open https://mran.revolutionanalytics.com/documents/rro/installation/#sysreq utilizza Intel MKL anziché il riferimento BLAS predefinito per accelerare i calcoli.

La mia domanda è:

Quali sarebbero le esatte passaggi per Link Library MKL di Intel ** manualmente a R ** s 'versione più recente su Windows (https://cran.r-project.org/bin/windows/base/)?


UPDATE 20-07-2016: Ecco descrizione molto dettagliata su come costruire un OpenBLAS basata Rblas.dll a 64 bit per Windows R per R ≥ 3.3.0: http://www.avrahamadler.com/r-tips/build-openblas-for-windows-r64/

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Credo [devi compilare R] (http://www.r-bloggers.com/compiling-r-3-0-1-with-mkl-support/) (vecchio, scusate), che può complicare; a quanto pare le versioni compilate sono state accuratamente ottimizzate. A volte ci sono delle eccezioni; su OS X è possibile passare all'accelerazione BLAS integrata senza ricompilare. Credo che RcppArmadillo abbia anche ulteriori capacità BLAS/LAPACK; forse se sei fortunato Dirk ti fermerà e ti darà consigli migliori di me. – alistaire

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Sì, ho trovato molti post sul blog su come farlo per Linux, alcuni su come farlo per Mac, ma per quanto riguarda Windows tutti sembrano evitare il "modo manuale" di optare per la soluzione ovvia, ovvero Revolution R/Microsoft R Open. – majom

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Da quello che ho letto (forse errato), è perché è un dolore compilare _well_ senza esperienza di livello R-Core. In realtà, a meno che tu non gestisca regolarmente enormi matrici, MKL potrebbe non fare davvero molta differenza per te, quindi il punto potrebbe essere discutibile. – alistaire

risposta

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Ho trovato che su Windows se nella directory Programmi/R/R-3.3.3/bin/x64 si sovrascrivono i file Rblas.dll e Rlapack.dll con il loro Intel MKL counterpart che si avranno operazioni con matrice multithread. Per me questo di solito comporta un aumento di circa 10 volte della velocità delle operazioni con le matrici, quindi ne vale la pena! Fammi sapere se questo funziona per te!

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Appena notato che questo link è per un account Dropbox. Sembra abbozzato. @ Tom, puoi collegarti a qualcosa sul sito Web di Intel? – kennyB

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Il problema è che lo forniscono solo insieme con l'intero Microsoft Open R. Ma ho trovato che tutto ciò che era necessario per far funzionare Intel MKL erano questi file, ed è per questo che li metto separatamente su Dropbox ... sono stato in grado di rintracciare una buona posizione di download, purtroppo ... –