Ho un data.frame con una colonna, in questo modo:Data.frame diventa fattore/vettore dopo filtrazione/subsetting
>d = data.frame(animal=c("horse","dog","cat"))
poi filtrare escludendo tutti gli elementi presenti anche in un vettore. ad esempio
> res = d[!(d$animal %in% c("horse")),]
> res
[1] dog cat
Levels: cat dog horse
>class(res)
[1] "factor"
Che cosa sta succedendo qui?
Si noti inoltre che la classe della colonna il tuo data.frame non è "carattere", ma "fattore": 'classe (d [[1]])'. –