Come ottenere più linee in un grafico a densità singola, con una scala corretta?

Question

Eventuali duplicati:
How to overlay density plots in R?

recente ho iniziato a lavorare con set di dati di microarray e sto cercando di mettere le mani su R. Vorrei fare alcuni appezzamenti fuori dei miei dati dei risultati, ma comunque sono bloccato al seguente.

Ho i seguenti dati (myData),

cpg samp1 samp2 samp3 
cpg1 0.43 0.32 0.21 
cpg2 0.43 0.22 1.00 
cpg3 0.11 0.99 0.78 
cpg4 0.65 0.32 0.12 
cpg5 0.11 0.43 0.89 

E mi auguro di ottenere una trama densità per questo,

ho fatto la seguente,

plot (density(MyData$samp1), col="red") 
lines (density(MyData$samp2), col="green") 
lines (density(MyData$samp3), col="blue") 

Ma facendo questo non mi dà trame corrette, perché non tutte le curve campione rientrano nei limiti del grafico. Ho provato a cercare risposte, ma sinceramente non sono ancora in grado di farlo. Potete aiutarmi a sapere come posso impostare la mia scala per quanto sopra? O quale altro dovrei fare per il codice sopra, in modo che tutte le curve siano nel range ?? Ho molti campioni, quindi ho bisogno di qualcosa che possa anche assegnare automaticamente una curva di colore diversa per ciascun mio campione, dopo averlo ridimensionato correttamente.

Grazie in anticipo ..

Answer 1

è necessario modificare i limiti degli assi della trama originale per adattarsi tutto in questo non è fatto per voi automaticamente quando si aggiungono diverse linee:.

esempio

plot (density(MyData$samp1), col="red",ylim=c(0,3.5),xlim=c(-1,2)) 
lines (density(MyData$samp2), col="green") 
lines (density(MyData$samp3), col="blue") 

Answer 2

Si potrebbe anche generare i limiti del X e Y automaticamente:

ranges <- apply(MyData, 2, 
      function(x) { dens <- density(x); c(range(dens$x), range(dens$y)) }) 

plot(density(MyData$samp1), col="red", 
     xlim = range(ranges[1:2, ]), ylim = range(ranges[3:4, ])) 
lines(density(MyData$samp2), col="green") 
lines(density(MyData$samp3), col="blue") 

Answer 3

Usando il pacchetto lattice (Sono sicuro che un ggplot2 esempio non è molto indietro), è possibile utilizzare la funzione densityplot:

library(lattice) 
densityplot(~ samp1 + samp2 + samp3, data = myData, auto.key = TRUE) 

Oppure utilizzare il pacchetto reshape2 per ottenere i dati in una forma alta prima della stampa:

library(reshape2) 

myDataM<-melt(myData) 

densityplot(~ value, groups = variable, data = myDataM, auto.key = TRUE)