Sto cercando di realizzare un'implementazione usando MPI e Fortran che separano i processi che si trovano sullo stesso nodo in gruppi. MPI ha una routine in grado di identificarlo?Classificare i processi del nodo con MPI e FORTRAN
Ho avuto l'idea di separare questi processi dai loro nomi host, che sono gli stessi sui nodi della macchina che sto usando. Ma non so se è generale per tutti i cluster.
Probabilmente vorrete controllare MPI_COMM_SPLIT_TYPE. Essa vi permetterà di dividere un comunicatore esistente basato sulla split_type si passa come un parametro:
int MPI_Comm_split_type(MPI_Comm comm, int split_type, int key,
MPI_Info info, MPI_Comm *newcomm)
In questo momento, l'unica split_type è MPI_COMM_TYPE_SHARED, definito nello standard come:
Questo tipo divide il comunicatore in subcomunicatori, ognuno dei quali può creare un'area di memoria condivisa.
Questo di solito è la stessa cosa di quello che stai chiedendo, ma dovrete controllare due volte che è vero sulla vostra macchina.
L'altra cosa che devi sapere è che questa è una nuova funzione in MPI-3 quindi potrebbe non essere disponibile in tutte le implementazioni di MPI. So che è disponibile per MPICH e per i suoi derivati. AFAIK, non è disponibile nell'ultima versione di Open MPI. Quindi assicurati di avere una versione di MPI che effettivamente la supporta.
Ho implementato una funzione di divisione simile per sistemi il cui ambiente non fornisce MPI 3.0 e funziona piuttosto bene su diversi cluster. Utilizza MPI_GET_PROCESSOR_NAME e fa affidamento sul fatto che la maggior parte delle implementazioni di cluster MPI restituiscono il FQDN del nodo come risultato - testato con Open MPI e Intel MPI (basato su MPICH, pertanto è prevedibile un comportamento simile con altri derivati MPICH). In pseudocodice funziona così:
rank := MPI_COMM_RANK(communicator)
prev_rank := rank - 1; IF (prev_rank < 0) prev_rank := MPI_PROC_NULL
next_rank := rank + 1; IF (next_rank >= num_procs) next_rank := MPI_PROC_NULL
proc_name := MPI_GET_PROCESSOR_NAME
list := MPI_RECV(from prev_rank)
IF (list does not contain proc_name) THEN
list := list + proc_name
END IF
colour := index of proc_name in list
key := rank
MPI_SEND(list to next_rank)
MPI_COMM_SPLIT(communicator, colour, key, newcomm)
Questo codice costruisce fondamentalmente un elenco di nomi unici processori MPI (nomi host) e ogni processo utilizza la posizione del suo nome del processore MPI in questa lista come colore per la consueta funzione split . Nella mia implementazione C dell'algoritmo, la lista è semplicemente una stringa - concatenazione di tutti gli elementi con un byte zero come separatore. In Fortran si può usare qualsiasi simbolo che non sarebbe normalmente permesso in un nome host, ad es. ;. Quindi la stringa viene semplicemente passata come una matrice di MPI_CHAR (C) o MPI_CHARACTER (Fortran).
Questo meccanismo funziona su tutte le macchine che ho incontrato eccetto un Blue Gene/Q. Lì, il nome del processore include il numero principale all'interno di un nodo. È possibile costruire il proprio nome del processore in questo modo:
Sulla BG/Q, i processi non possono migrare tra i core, quindi ha perfettamente senso includere l'ID core nel nome del processore. Che mi dici di Cray? Non ho avuto la possibilità di usarne uno in un bel po 'di tempo. –
I Crays che ho usato si comportano come Linux. –
Wesley, grazie. È un peccato che questo non sia disponibile per Open MPI. Anche se, fammi fare un esempio per vedere se ho capito come funziona questo split type_. Supose Ho 32 processi su 4 nodi 8-core. La mia intenzione è di creare 4 gruppi di 8 core, basati su processi di memoria condivisi che si trovano sullo stesso nodo. Potrei usare MPI_Comm_split_type. Usando questo non potrei, per esempio, creare 8 gruppi di 4 (mettendo 2 gruppi in ogni nodo), potrei? –
Sì, puoi farlo. Se si desidera creare 8 gruppi di 4 in cui ogni gruppo è locale a un nodo, è necessario utilizzare il parametro chiave in modo che metà dei processi contribuisca a una chiave e l'altra metà contribuisca a una chiave diversa. Questo è stato il comportamento della chiamata esistente MPI_COMM_SPLIT quindi ci dovrebbero essere un sacco di tutorial da seguire. Dovrai solo aggiungere un po 'per le nuove aggiunte di tipo. –
OpenMPI imposta le variabili di ambiente OMPI_COMM_WORLD_LOCAL_RANK e OMPI_COMM_WORLD_LOCAL_SIZE che è possibile utilizzare per scoprire quanti processi condividono un nodo ("dimensione locale"). –