Qual è la sintassi per l'utilizzo di pandoc con RStudio Markdown per la conversione in MS Word? Come può essere usato per includere bibliografia e citazioni in linea?

Question

RStudio ora supporta direttamente la scrittura di file .Rmd in formato docx - oro puro per qualcuno che è il lato tecnico della maggior parte delle collaborazioni in cui le revisioni finali dell'articolo saranno eseguite in Word.

Tuttavia, avevo appena capito come ottenere R, knitr e pandoc per giocare tra loro e quindi cerco aiuto nella transizione mentre la documentazione è ancora agli inizi.

Il mio file converte senza alcun problema utilizzando il blocco di codice YAML come segue:

--- 
title: "Testing" 
output: 
    word_document: 
    fig_width: 5 
    fig_height: 5 
    fig_caption: true 
--- 

e la documentation dice che, supponendo che ho un file 'myLibrary.bib' nella stessa directory del mio file .RMD , dovrei essere in grado di aggiungere qualcosa di simile:

pandoc_args: [ 
     bibliography: "myLibrary.bib" 
    ] 

o

pandoc_args: [ 
     --bibliography "myLibrary.bib" 
    ] 

ma io non riesco a trovare alcun esempio di come formattare questo nei luoghi ovvi: here o here

punti di bonus per il codice che collega anche la bibliografia al file myJournalFormat.csl anche nella stessa cartella.

Answer 1

È necessario racchiudere i tuoi argomenti tra virgolette, ("") ed essere separati da virgole

Se ho un file di bibliografia chiamato biblio.bib e il file csl è chicago-author-date.csl,

Di seguito vi anteriore importa funzionerà

--- 
title: "Example Doc" 
output: 
    word_document: 
    pandoc_args: [ 
     "--csl", "chicago-author-date.csl", 
     "--bibliography", "biblio.bib" 
    ] 
--- 

Answer 2

Ho avuto lo stesso problema che hai. Forse non è una vera risposta alla tua domanda, ma potresti voler dare un'occhiata al pacchetto di David Gohel ReporteRs http://davidgohel.github.io/ReporteRs/gettingstarted.html Ha reso facile la scrittura di file .docx. Ho già avuto risultati sorprendenti!