Usa facet_grid per il valore a due a due (heatmap) visualizzazione in ggplot2

Question

ho dati contenenti dati numerici a coppie per 10 campioni:

data = dget(url("https://git.io/vCTpG")) 

I dati si presenta così:

sampleB sampleA ol labelA labelB facetA facetB 
2409  2409  100 2409|B 2409|B B  B 
2409  2413  0 2413|A 2409|B A  B 
2409  2414  0 2414|A 2409|B A  B 
2409  2417  0 2417|C 2409|B C  B 
2409  2411  0 2411|A 2409|B A  B 
2409  2418  0 2418|B 2409|B B  B 
2409  2416  0 2416|C 2409|B C  B 
2409  2412  4 2412|B 2409|B B  B 
2409  2415  0 2415|C 2409|B C  B 
2409  2410  19 2410|A 2409|B A  B 
...  ...  ... ...  ...  ...  ... 

voglio visualizzare la ol valori in una mappa di calore:

library(ggplot2) 
ggplot(data = data, mapping = aes(x=labelA, y=labelB)) + 
    geom_tile(mapping = aes(fill=ol)) + 
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "black") + 
    theme(legend.position = "none") + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1)) 

Ora mi piacerebbe strutturare la mappa di calore 10 per 10 per una categoria associata a ciascun campione, ovvero A,B o C in questo esempio. Tuttavia, se uso facet_grid ...

last_plot() + facet_grid(facetA~facetB) 

... questo si traduce in un 30 da 30 piuttosto che in una mappa 10 da 10 di calore che si suddivide in 3 categorie (che mostra ancora solo 100 valori però). Ricordo di aver risolto questo problema utilizzando

last_plot() + facet_grid(facetA~facetB, scales = "free", space = "free") 

in passato, tuttavia, non riesco più a riprodurlo. La soluzione desiderata sarebbe simile a questa (questo è stato rivestiti, non ggplot generata):

Vale a dire un riordinato, raggruppato 10 per 10 matrice.

Answer 1

È necessario utilizzare facet_wrap() anziché facet_grid() o modificare l'ordine delle faccette in facet_grid() come suggerito nei commenti.

Il motivo è che, per definizione, facet_grid non consente che i limiti degli assi y siano diversi tra i pannelli nella stessa riga. In altre parole, tutti e tre i pannelli nella riga superiore devono avere gli stessi limiti y, tutti e tre i riquadri nella seconda riga devono avere gli stessi limiti y ecc. L'aggiunta di scales = "free_y" significa che la prima riga può avere diversi limiti y dal seconda riga (ma all'interno di una determinata riga, tutti i pannelli devono sempre avere gli stessi limiti y). Nel tuo esempio, quando si utilizza

facet_grid(facetA ~ facetB, scales = "free") 

si stanno costringendo ggplot di utilizzare tutti i valori y per tutte le righe; ad esempio il pannello di sinistra nella riga superiore deve contenere il valore 2418|B poiché tale valore è presente nel pannello centrale della riga superiore. Invertendo l'ordine delle faccette accade di fare il lavoro in questo caso a causa della struttura dei dati. (Sto solo dando un esempio per l'asse y, ma lo stesso vale per i limiti dell'asse x quando si utilizza scales = "free_x".)

Se si desidera avere scale xey differenti per ogni pannello, indipendentemente da quelli accanto ad esso, sarà necessario utilizzare facet_wrap.

Modifica Una spiegazione più dettagliata di come ottenere la figura desiderata.Tornando al tuo esempio specifico, invertendo le vostre sfaccettature daranno

p <- ggplot(data = data, mapping = aes(x=labelA, y=labelB)) + 
    geom_tile(mapping = aes(fill=ol)) + 
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "black") + 
    theme(legend.position = "none") + 
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1)) + 
    facet_grid(facetB ~ facetA, scales = "free") 
p 

Questo contiene tutti i pannelli che si desidera. Per ottenere l'ordine che stai chiedendo è semplicemente una questione di riorganizzare le righe. Questo può essere fatto impostando l'ordine dei livelli di facetB (modificare: o, come @ user20650 suggerito nei commenti, impostando as.table=FALSEin facet_grid()):

data1 <- data  
data1$facetB <- factor(data1$facetB, levels = c("C", "B", "A")) 
p %+% data1