trama sfaccettatura nidificato con ggplot2

Question

Se ho un fattore nidificato, in questo caso non ho più livelli "Famiglia" che sono contenuti nel "Ordine" fattore, vorrei creare potenzialmente un

facet_grid(Family/Order ~.) 

invece dell'attuale

facet_grid(Family + Order ~.) 

Fondamentalmente - UNA striscia per ogni ordine - che contiene accanto ad essa tutte le strisce per ogni famiglia all'interno di quell'ordine. So che facet_grid (Famiglia/Ordine ~.) Al momento non è possibile, ma come potrei ottenere questo effetto? Potrebbe essere fatto con un tema()? Grazie mille. --SB

avrei sopra specificato che sia la famiglia e ordine sono fattori. I valori dei dati B sono per specie che hanno un livello di famiglia e un livello di ordine a cui appartengono. Ecco il codice per la mia trama:

p <- ggplot(models, aes(B,Species)) + geom_point() + facet_grid(Family + Order ~ 
.,scales="free",space="free") 

Ecco alcuni dati di esempio:

structure(list(Species = c("Acanthocyclops robustus", "Acroperus harpae", 
"Alona affinis", "Ascaphus truei", "Bosmina longirostris"), Intercept = c(-36.1182388331068, 
-27.2140776216155, -25.7920464721491, -39.2233884219763, -31.4301301084581 
), B = c(0.919397836908493, 0.716601987210452, 0.685455190113372, 
1.04159758611351, 0.81077051300147), Bconf = c(0.407917065756464, 
0.181611850119198, 0.254101713856315, 0.708582768458448, 0.234313394549538 
), Order = c("Cyclopoida", "Diplostraca", "Diplostraca", "Anura", 
"Diplostraca"), Family = c("Cyclopidae", "Chydoridae", "Chydoridae", 
"Leiopelmatidae", "Bosminidae")), .Names = c("Species", "Intercept", 
"B", "Bconf", "Order", "Family"), row.names = c(NA, 5L), class = "data.frame") 

Answer 1

Utilizzando facet_grid o facet_wrap non costruire l'immagine che si sta tentando di costruire. È possibile, tuttavia, creare un elenco di grafica e poi tracciare loro via gridEtrax::grid.arrange. Ecco un esempio

library(ggplot2) 
library(gridExtra) 
library(dplyr) 

dat <- 
    structure(list(Species = c("Acanthocyclops robustus", "Acroperus harpae", 
    "Alona affinis", "Ascaphus truei", "Bosmina longirostris"), Intercept = c(-36.1182388331068, 
    -27.2140776216155, -25.7920464721491, -39.2233884219763, -31.4301301084581 
), B = c(0.919397836908493, 0.716601987210452, 0.685455190113372, 
    1.04159758611351, 0.81077051300147), Bconf = c(0.407917065756464, 
    0.181611850119198, 0.254101713856315, 0.708582768458448, 0.234313394549538 
), Order = c("Cyclopoida", "Diplostraca", "Diplostraca", "Anura", 
    "Diplostraca"), Family = c("Cyclopidae", "Chydoridae", "Chydoridae", 
    "Leiopelmatidae", "Bosminidae")), .Names = c("Species", "Intercept", 
    "B", "Bconf", "Order", "Family"), row.names = c(NA, 5L), class = "data.frame") 

dat 

# A ggplot object with NO data. Omit the order from the facet_grid call 
g <- 
    ggplot() + 
    aes(Species, B) + 
    geom_point() + 
    facet_grid(. ~ Family, 
      scales = "free", space = "free") + 
    ylim(range(dat$B)) + 
    xlab("") 

# Build a seperate graphic for each Order and title 
plots <- 
    lapply(unique(dat$Order), function(o) { 
      g %+% dplyr::filter_(dat, ~ Order == o) + ggtitle(o) 
      }) 

# build as Grobs and plot via gridExtra::grid.arrange 
plots %>% 
    lapply(ggplotGrob) %>% 
    arrangeGrob(grobs = .) %>% 
    grid.arrange(., ncol = 1) 

Answer 2

Ecco una soluzione semplice: aggiungere una variabile foo per i dati che crolla i livelli del fattore interno in modo tale che interaction(foo, outer) ha gli stessi insiemi di livello come inner. So che mi mancano alcune etichette, quindi se qualcuno riesce a trovare un modo rapido per compilare le etichette, lo modifico nella mia risposta.

library(ggplot2) 
library(gridExtra) 
library(dplyr) 

dat <- 
    structure(list(Species = c("Acanthocyclops robustus", "Acroperus harpae", 
          "Alona affinis", "Ascaphus truei", "Bosmina longirostris"), 
       Intercept = c(-36.1182388331068, -27.2140776216155, -25.7920464721491, 
           -39.2233884219763, -31.4301301084581), 
       B = c(0.919397836908493, 0.716601987210452, 0.685455190113372, 
          1.04159758611351, 0.81077051300147), 
       Bconf = c(0.407917065756464, 
          0.181611850119198, 0.254101713856315, 0.708582768458448, 0.234313394549538 
         ), 
       Order = c("Cyclopoida", "Diplostraca", "Diplostraca", "Anura", 
          "Diplostraca"), 
       Family = c("Cyclopidae", "Chydoridae", "Chydoridae", 
          "Leiopelmatidae", "Bosminidae")), 
      .Names = c("Species", "Intercept", 
         "B", "Bconf", "Order", "Family"), row.names = c(NA, 5L), class = "data.frame") 

replace_with_int_rank = function (x) as.numeric(as.factor(x)) 
collapse_nested_factor = function(inner, outer){ 
    ave(as.character(inner), outer, FUN = replace_with_int_rank) 
} 
dat$Family_collapsed = collapse_nested_factor(inner = dat$Family, dat$Order) 
p <- ggplot(dat) + geom_point(aes(B,Species)) + facet_grid(Order~Family_collapsed, scales = "free")