Come rimuovere righe con NA solo se sono presenti in più di una certa percentuale di colonne?

Question

Voglio utilizzare na.omit (dati) per il seguente set di dati di esempio, ma su una condizione in modo da rimuovere le righe con NA solo quando sono presenti, diciamo "oltre il 30%" delle colonne.

dati:

 C1  C2  C3  C4  C5 
Gene1 0.07 NA  0.05 0.07 0.07 
Gene2 0.2 0.18 0.16 0.15 0.15 
Gene3 NA  0.93 0.9 NA  0.92 
Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05 
Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47 
Gene6 NA  0.34 NA  0.8 NA 
Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89 
Gene8 0.25 NA  0.49 NA  NA 
Gene9 0.1 0.1 0.05 NA  0.09 

Quindi il file risultante dovrebbe essere la seguente:

 C1  C2  C3  C4  C5 
Gene1 0.07 NA  0.05 0.07 0.07 
Gene2 0.2 0.18 0.16 0.15 0.15 
Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05 
Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47 
Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89 
Gene9 0.1 0.1 0.05 NA  0.09 

Grazie per l'aiuto!

Answer 1

È possibile sottoinsieme sulla base delle somme delle righe di NA valori:

test[!rowSums(is.na(test)) > ncol(test)*.3,] 

     C1 C2 C3 C4 C5 
Gene1 0.07 NA 0.05 0.07 0.07 
Gene2 0.20 0.18 0.16 0.15 0.15 
Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05 
Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47 
Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89 
Gene9 0.10 0.10 0.05 NA 0.09 

Answer 2

Ecco un'altra versione con Reduce

df1[!Reduce(`+`, lapply(df1, is.na)) > ncol(df1)*0.3,] 
#  C1 C2 C3 C4 C5 
#Gene1 0.07 NA 0.05 0.07 0.07 
#Gene2 0.20 0.18 0.16 0.15 0.15 
#Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05 
#Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47 
#Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89 
#Gene9 0.10 0.10 0.05 NA 0.09 

Answer 3

Ed ecco un'altra opzione utilizzando applicare

dat[apply(dat,1,function(x){sum(is.na(x))/dim(dat)[2]})<0.3,] 

#C1 C2 C3 C4 C5 
#Gene1 0.07 NA 0.05 0.07 0.07 
#Gene2 0.20 0.18 0.16 0.15 0.15 
#Gene4 0.32 0.05 0.12 0.13 0.05 
#Gene5 0.44 0.53 0.46 0.03 0.47 
#Gene7 0.49 0.55 0.67 0.49 0.89 
#Gene9 0.10 0.10 0.05 NA 0.09