Disegnare un grafico o una rete da una matrice di distanze?

Question

Sto provando a tracciare/disegnare (matplotlib o altra libreria python) una rete 2D di una matrice a grande distanza in cui le distanze sarebbero i bordi della rete disegnata e la linea e la colonna i suoi nodi.

DistMatrix = 
[  'a', 'b',  'c', 'd'], 
['a', 0,  0.3, 0.4, 0.7], 
['b', 0.3, 0,  0.9, 0.2], 
['c', 0.4, 0.9, 0,  0.1], 
['d', 0.7, 0.2, 0.1, 0] ] 

Cerco delineare/trama rete 2d da tale (più grande: migliaia di colonne e righe) matrice di distanza: nodo 'un' collegata al nodo 'b' da una profondità di 0,3 bordo, i nodi 'c' e 'd' sarebbero legati da una profondità del bordo di 0.1. Quali sono gli strumenti/le librerie che posso usare (la matrice delle distanze può essere convertita in una matrice numpy) per ottenere la proiezione grafica/schizzo di tale rete? (panda, matplotlib, igraph, ...?) e alcuni inducono a farlo velocemente (non definirei la mia funzione Tkinter per farlo ;-))? grazie per le tue risposte in arrivo.

Answer 1

Il programma graphvizneatoprova per rispettare le lunghezze dei bordi. doug shows a way Al cablaggio neato usando networkx simili:

import networkx as nx 
import numpy as np 
import string 

dt = [('len', float)] 
A = np.array([(0, 0.3, 0.4, 0.7), 
       (0.3, 0, 0.9, 0.2), 
       (0.4, 0.9, 0, 0.1), 
       (0.7, 0.2, 0.1, 0) 
       ])*10 
A = A.view(dt) 

G = nx.from_numpy_matrix(A) 
G = nx.relabel_nodes(G, dict(zip(range(len(G.nodes())),string.ascii_uppercase)))  

G = nx.drawing.nx_agraph.to_agraph(G) 

G.node_attr.update(color="red", style="filled") 
G.edge_attr.update(color="blue", width="2.0") 

G.draw('/tmp/out.png', format='png', prog='neato') 

cede

Answer 2

È possibile utilizzare il pacchetto networkx, che funziona perfettamente con questo tipo di problemi. Regolare la matrice per rimuovere un semplice array NumPy come questo:

DistMatrix =array([[0,  0.3, 0.4, 0.7], 
[0.3, 0,  0.9, 0.2], 
[0.4, 0.9, 0,  0.1], 
[0.7, 0.2, 0.1, 0] ]) 

quindi importare NetworkX e usarlo

import networkx as nx 
G = G=nx.from_numpy_matrix(DistMatrix) 
nx.draw(G) 

se si vuole disegnare una versione ponderata del grafico, è necessario specificare il colore di ogni bordo (almeno, non ho potuto trovare un modo più automatizzato per farlo):

nx.draw(G,edge_color = [ i[2]['weight'] for i in G.edges(data=True) ], edge_cmap=cm.winter)