Come si determina l'autore di un pacchetto R?

Question

Come posso determinare chi sono gli autori di un pacchetto? Dato che abbiamo questa base di codice ampiamente utilizzata, ritengo sia appropriato fare riferimento al software che utilizzo nella mia analisi.

Esiste un modo per recuperare a livello di codice l'autore e qualsiasi altra informazione pertinente?

In pseudocodice, voglio fare le seguenti operazioni:

references("base") 

Come posso fare questo?

Answer 1

Come altri hanno scritto funzioni, e non le spiegazioni, ve lo riempirò questo.

distribuita con ogni pacchetto è un file di descrizione. Facoltativamente, un maintainer può includere un file CITATION.

La funzione citation(pkgName) (dove pkgName è una stringa di caratteri) cercherà prima il file CITATION, quindi il file DESCRIPTION. Se il primo viene trovato, presenterà il contenuto di quel file. Se quest'ultimo, genera automaticamente l'output BibTeX in base ai campi nel file DESCRIPTION. Questa uscita potrebbe richiedere alcune revisioni aggiuntive, quindi fai attenzione prima di utilizzare i contenuti direttamente in una citazione.

Per visualizzare la descrizione del pacchetto, packageDescription(pkgName) farà il trucco. Ciò restituirà un elenco di elementi, ciascuno basato su un campo dal file DESCRIPTION. Questa è la soluzione migliore se vuoi lavorare a livello di codice con questi contenuti.

Un problema chiave è che l'autore (i) di un pacchetto e il/i manutentore/i del pacchetto potrebbero non essere le stesse persone. Se hai bisogno di assistenza con un pacco, dovresti contattare il/i manutentore/i. Un esempio è nlme. In primo luogo, un frammento da informazioni di citazione:

> citation("nlme") 

To cite package 'nlme' in publications use: 

    Jose Pinheiro, Douglas Bates, Saikat DebRoy, Deepayan Sarkar and the R Development Core Team (2011). nlme: Linear and 
    Nonlinear Mixed Effects Models. R package version 3.1-102. 

E un frammento da informazioni DESCRIZIONE:

> packageDescription("nlme") 
Package: nlme 
Title: Linear and Nonlinear Mixed Effects Models 
Author: Jose Pinheiro (S version), Douglas Bates (up to 2007), Saikat DebRoy (up to 2002), Deepayan Sarkar (up to 2005), the 
       R Core team. 
Maintainer: R-core <R-core@R-project.org> 

nota che gli autori elencati partecipato oltre intervalli diversi, ma, se si vuole aiuto oggi, 'e-mail R-core@R-project.org.

Infine, poiché i manutentori possono creare il proprio file CITATION, le informazioni CITATION non devono essere un sottoinsieme delle informazioni DESCRIZIONE. Un esempio è da citation("base"), che include, tra le altre cose, il record ISBN, che non è nell'output di packageDescription("base").

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Update 1. Se vuoi mostrare un po 'di amore per autori o manutentori, qui è un codice ottenere un elenco dei più frequentemente chiamato gli autori o manutentori, in base alla produzione di installed.packages(). (Se desideri limitarlo ai pacchetti usati da qualche codice, controlla il pacchetto mvbutils e la funzione foodweb - potresti diventare pazzo e classificare ulteriormente in base alla frequenza delle chiamate o al tempo trascorso, se si utilizza Rprof.)

Sfortunatamente, questo codice non divide le stringhe in più nomi, quindi una collaborazione viene considerata come 1 "persona", probabilmente sottovalutando il lavoro dei singoli. Se vuoi un'analisi accurata, dovrai fare un po 'più di lavoro. :)

getMaint <- function(x){ 
    return(packageDescription(x)$Maintainer) 
} 

getAuth <- function(x){ 
    return(packageDescription(x)$Author) 
} 

nicePrint <- function(x, N = 10){ 
    tmpTable <- head(sort(table(x), decreasing = TRUE), N) 
    tmpTable <- as.data.frame(tmpTable) 
    colnames(tmpTable) = "count" 
    return(tmpTable) 
} 

vPkgs <- installed.packages()[,"Package"] 

listA <- mapply(getAuth, vPkgs) 
listM <- mapply(getMaint, vPkgs) 

nicePrint(listA) 
nicePrint(listM) 

Ecco un esempio da un computer; scuse per i brutti indirizzi di posta elettronica oscurati. Il codice sopra riportato produce gli indirizzi email corretti dal file DESCRIPTION, ma li ho modificati.

Autori:

nicePrint(listA) 
                count 
Diethelm Wuertz and many others, see the SOURCE file 14 
Hadley Wickham <xxxxxxxxxxxxxxxxxxx>      7 
R Development Core Team and contributors worldwide  7 
Henrik Bengtsson <xxxxxxxxxxxxxxxxx>      4 
Revolution Analytics          4 
Brian Ripley <xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>.     3 
David Scott <xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>      3 
Luke Tierney <xxxxxxxxxxxxxxxxxxx>      3 
R Development Core Team         3 

Maintainer:

nicePrint(listM) 
               count 
Rmetrics Core Team <xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx> 19 
R Core Team <xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>     13 
Brian Ripley <xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>     9 
Achim Zeileis <xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>   7 
Hadley Wickham <xxxxxxxxxxxxxxxxxxx>     7 
Torsten Hothorn <xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>  7 
David Scott <xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx>     5 
Henrik Bengtsson <xxxxxxxxxxxxxxxxx>     5 
Trevor Hastie <xxxxxxxxxxxxxxxxxxx>     5 
Luke Tierney <xxxxxxxxxxxxxxxxxxx>     4 

Answer 2

uso

packageDescription("base") 

e leggere ...

Answer 3

Per essere in grado di citare R o un pacchetto, utilizzare citation.

citation()  #for base packages or R itself 
citation("nlme") 

Answer 4

Alcune operazioni di pulizia necessarie, ma si ottiene l'idea. :)

library(RCurl) 
gg <- getURL("http://cran.r-project.org/web/packages/ggdendro/index.html") 
gg <- readLines(textConnection(gg)) 
gg[grep("Author:", gg)+1] 
[1] "<td>Andrie de Vries</td></tr>" 

Richie mi ha battuto sul tempo, ma ecco un breve tratto di estrarre alcune informazioni utilizzando citation.

citation("ggdendro")$author 
[1] "Andrie de Vries <XXXXX@XXXXX.com>" 

Nei commenti, Hadley ha suggerito un altro metodo di lettura direttamente dal file DESCRIPTION.

> gg <- read.dcf(url("http://cran.r-project.org/web/packages/ggdendro/DESCRIPTION")) 
> gg[, "Maintainer"] 
          Maintainer 
"Andrie de Vries <xxxxx@xxxxx.com>"