errore di pacchetto quando si esegue il codice r sulla linea di comando

Question

Ho un codice che ho eseguito che include questa parte:

if (!require("yaml")) { 
    install.packages("yaml") 
    library("yaml") 
} 

Quando eseguo in esso rstudio, tutto funziona senza problemi e non ci sono bug. Tuttavia, quando provo in esecuzione il mio codice sulla riga di comando, ottengo questo errore:

$ Rscript.exe file.R 
Loading required package: yaml 
Installing package(s) into ‘/usr/lib/R/site-library’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
Error in contrib.url(repos, type) : 
    trying to use CRAN without setting a mirror 
Calls: install.packages -> grep -> contrib.url 
In addition: Warning message: 
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, : 
    there is no package called ‘yaml’ 
Execution halted 

Answer 1

RStudio imposta un repository di default quando si chiama install.packages dall'interno RStudio. Quando si esegue lo script tramite la riga di comando, è necessario indicare a R quale repository utilizzare (o impostare un repository predefinito globale).

È possibile risolvere facilmente questo problema dicendo a R di utilizzare il repository preferito.

Ad esempio, se si desidera utilizzare il repository di pacchetti RStudio, impostare repos="http://cran.rstudio.com/" all'interno della chiamata install.packages.

if (!require("yaml")) { 
    install.packages("yaml", repos="http://cran.rstudio.com/") 
    library("yaml") 
} 

Questo dovrebbe funzionare!