Debug R: "solo 0 possono essere combinati con gli indici negativi"

Question

Ho uno script che funziona bene quando lo eseguo manualmente in R Studio, ma non funziona quando lo eseguo da un altro programma attraverso un wrapper.

ottengo queste informazioni nella mia uscita di debug:

[912] Error in xj[i] : only 0's may be mixed with negative subscripts 
[912] Calls: GetTopN -> cor -> is.data.frame -> [ -> [.data.frame 

Se salvo l'immagine a destra prima ottengo l'errore e poi caricarla in R Studio ottengo lo stesso errore quando eseguo GetTopN(10). Tuttavia, se rieseguire la dichiarazione actionlist<- sqlQuery(channel,al_string) all'interno di R Studio e quindi eseguire GetTopN(10), tutto funziona come dovrebbe.

Ho persino provato a salvare l'immagine in R Studio appena prima della chiamata critica, quindi caricarla attraverso il wrapper prima di eseguire GetTopN (10) e ho ottenuto lo stesso errore.

Ho controllato e tutte le variabili rilevanti (crs, z, x, n) sembrano avere i valori corretti. Non ho idea di quale potrebbe essere la causa di questo, e apprezzerei davvero un po 'di aiuto!

Qui è quanto viene avviato (in ordine):

#INIT: 
library(RODBC) 
library(stats) 

channel<- odbcConnect("data") 
crs<-mat.or.vec(3000,5) #will hold correlations 
n1<-seq(-33,0) 

#Get whole series 
z <- sqlQuery(channel,"SELECT RPos,M1,M2,M3,M4 FROM `data`.`z` ") 
al_string <- "SELECT RPos,OpenTime FROM z JOIN actionlist on(OpenTime = pTime)" 
trim_string<- "DELETE FROM ActionList WHERE OpenTime NOT IN (SELECT OpenTime FROM ReducedList)" 

GetTopN<-function(n) 
{ 
    for(i in 1:nrow(actionlist)) 
    { 
    crs[i,1]<-actionlist$OpenTime[i] 
    for(j in 2:ncol(z)) 
    { 
    crs[i,j]<-cor(z[actionlist$RPos[i]+n1,j],x[,j]) 
    } 
    } 
    avc <- (cbind(crs[,1],rowSums(crs[,2:5]))) 
    sorted <- crs[order(avc[,2], decreasing=T),1] 
    topx<- head(sorted,n) 
    bottomx <- tail(sorted,n) 
    DF<-as.data.frame(c(topx,bottomx),row.names=NULL) 
    colnames(DF)[1]<-'OpenTime' 
    sqlSave(channel,dat=DF,tablename='ReducedList',append=F,rownames=F,safer=F) 
    sqlQuery(channel,trim_string) 
} 


curpTime <- 1275266400 
actionlist<- sqlQuery(channel,al_string) 

x<- sqlQuery(channel,paste('SELECT pTime,M1,M2,M3,M4 FROM z WHERE pTime <= ',curpTime,' AND 
pTime > ',curpTime,'-(300*34) ORDER BY pTime ASC')) 

GetTopN(10) 

ho salvato il mio lavoro anche se potrebbe essere utile (4.7MB): workspace Se la connessione al database MySQL avrebbe aiutato, dovrebbe essere aprirà il 74.73.17.163:3306

Answer 1

Il problema: actionlist$RPos[1000] ha un valore di 21. n1 varia da -31 a 0. Quando si aggiunge li si ottiene un vettore con un mix di valori positivi e negativi, che non è consentito in sottoinsiemi.

come ci sono arrivato: Primo controllo traceback():

traceback() 
5: `[.data.frame`(z, actionlist$RPos[i] + n1, j) at #8 
4: z[actionlist$RPos[i] + n1, j] at #8 
3: is.data.frame(x) at #8 
2: cor(z[actionlist$RPos[i] + n1, j], x[, j]) at #8 
1: GetTopN(10) 

Questo mi dice che il problema è in actionlist$RPos[i] + n1 più probabile. Poi ho appena aggiunto una semplice dichiarazione print(i) per dirmi quale era l'iterazione del problema. (In alternativa, è probabile che tu abbia appena controllato manualmente il problema