Errore nell'uso di .Call() in R 3.0. +

Question

Sto tentando di utilizzare una funzione che modella il successo di annidamento degli uccelli utilizzando un logistic exposure link function.

Quando ho eseguito questa funzione utilizzando il codice di esempio di cui sopra nella R 3.0.0 o 3.0.1, ottengo l'errore:

Error in .Call("logit_mu_eta", eta, PACKAGE = "stats") : 
    "logit_mu_eta" not available for .Call() for package "stats" 

Tuttavia, funziona benissimo in R 2.15.3.

Mi piacerebbe che funzioni in versioni più recenti di R, poiché li uso per ulteriori analisi delle uscite. Se qualcuno ha suggerimenti, soluzioni alternative o correzioni, li proverei volentieri.

Answer 1

Questo non è tecnicamente un bug, poiché la funzione ha utilizzato una funzione interna la cui posizione è ora cambiata. Ho un esempio funzionante di questo pubblicato a https://rpubs.com/bbolker/logregexp ... la chiave sta cambiando logit_mu_eta a stats:::C_logit_mu_eta come di seguito. Naturalmente, questo sarà ancora fragile per i cambiamenti futuri negli interni ...

logexp <- function(exposure = 1) 
{ 
    linkfun <- function(mu) qlogis(mu^(1/exposure)) 
    ## FIXME: is there some trick we can play here to allow 
    ## evaluation in the context of the 'data' argument? 
    linkinv <- function(eta) plogis(eta)^exposure 
    mu.eta <- function(eta) exposure * plogis(eta)^(exposure-1) * 
     .Call(stats:::C_logit_mu_eta, eta, PACKAGE = "stats") 
    valideta <- function(eta) TRUE 
    link <- paste("logexp(", deparse(substitute(exposure)), ")", 
        sep="") 
    structure(list(linkfun = linkfun, linkinv = linkinv, 
        mu.eta = mu.eta, valideta = valideta, 
        name = link), 
       class = "link-glm") 
} 

Answer 2

Questo è strano. Potrebbe essere un bug. Potresti voler inviare questo alla mailing list di R e vedere cosa ne pensano. Per risolvere il problema greggio, si potrebbe riscrivere quella funzione in R. Ecco il codice C per esso, dal file family.c in src/library/statistiche/src /:

SEXP logit_mu_eta(SEXP eta) 
{ 
    SEXP ans = PROTECT(duplicate(eta)); 
    int i, n = LENGTH(eta); 
    double *rans = REAL(ans), *reta = REAL(eta); 

    if (!n || !isReal(eta)) 
    error(_("Argument %s must be a nonempty numeric vector"), "eta"); 
    for (i = 0; i < n; i++) { 
    double etai = reta[i]; 
    double opexp = 1 + exp(etai); 

    rans[i] = (etai > THRESH || etai < MTHRESH) ? DOUBLE_EPS : 
     exp(etai)/(opexp * opexp); 
    } 
    UNPROTECT(1); 
    return ans; 
} 

THRESH è definito per essere 30. Quindi sembra che si potrebbe sostituire la chiamata esterna con questa funzione:

logit_mu_eta<-function(x){ 
    ex<-exp(x) 
    ans<-ex/(1+ex)^2 
    ans[abs(x)>30]<-.Machine$double.eps 
    ans 
} 

Allora dovreste modificare qualsiasi funzione sta chiamando questo.