Nizza cercando cinque set diagrammi di Venn

Question

In un articolo di recente mi sono imbattuto in un bel 5 set diagramma di Venn:

Mi chiedevo che cosa il software potrebbe essere stato usato per disegnare questo? Questo può essere fatto in R forse?

maggior parte dei pacchetti ho guardato sembrano produrre la versione meno chiaro

Qualche idea?

EDIT: Sembra che la Natura articolo usato questo strumento web: http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ potrebbe essere ancora bello di portarlo a qualche pacchetto R, in particolare l'asimmetrica Venns, che non sono attualmente disponibili in ogni pacchetto, che io sappia

Answer 1

Per memoria Adrian Dusa fatto veramente un bel nuovo pacchetto R venn che rende Venn diagrammi come sopra, per un massimo di 7 serie:

library(venn) 
venn(5, ilab=TRUE, zcolor = "style") 

venn(7, ilab=TRUE, zcolor = "style") 

Grazie Adrian per il fantastico pacchetto!

Answer 2

Ho anche utilizzato il generatore di diagrammi Venn online presso il sito di Bioinformatics dell'Università di Ghent e volevo la mia funzione. L'idea è ovviamente quella di avere ogni regione di intersezione ragionevolmente dimensionata in modo che il testo per i conteggi possa essere della stessa dimensione. Qui è il mio tentativo:

fiveCellVenn <- function(colorList=col2rgb(rainbow(5)), 
         cellCounts=seq(1,31,1), 
         cellLabels=c("one","two","three","four","five"), 
         saturation=.25){ 
    rotateVec <-function(vec,amount){ 
    return(c(vec[(amount+1):length(vec)], vec[1:amount])) 
    } 
    n=70 
    xhull <- c() 
    yhull <- c() 
    for (i in 1:n){ 
    xhull <- c(xhull, cos((i*2*pi)/n)) 
    yhull <- c(yhull, sin((i*2*pi)/n)) 
    } 
## The Venn cells begin as a 70-sided regular polygon 
## plot(xhull, yhull) 
## polygon(xhull, yhull) 
## Multiply each unit vector in the hull by a scalar, arrived at by 
## iterative adjustment. 
    adjust <-c(10,10.35,10.6,10.5,10.4,10.3,10.1,9.6,9,8.5, 
      8,7.625,7.25,7.125,7,6.875,6.75,6.875,7,7.125, 
      7.25,7.625,8.1,9.125,10.25,11.375,12.5,13.15,13.8,14.3, 
      14.6,14.725,14.7,14.7,14.7,14.4,14.1,13.8,13.5,12.8, 
      12.1,11.15,10.2,9.6,8.95,8.3,7.7,7,6.25,5.6, 
      5,4.75,4.5,4.25,4,3.8,3.6,3.45,3.45,3.45, 
      3.5,3.625,3.75,3.825,4,4.25,4.5,5.75,7.25,8.5) 
    newxhull <- xhull*adjust 
    newyhull <- yhull*adjust 
## Text location was also done by hand: 
    textLocationX <- c(-13,-3,8,9,-4,-7.5,7.5,-9,-8,4,6.5,-2,9,-4,1.4,4,-7.5,-3.5,7.5,-6,-6.5,6,1.5,4,-0.5,4.5,0,-5,-3.5,3.5,0) 
    textLocationY <- c(1,12,8,-8,-12,6.5,4.5,1,-4,8.5,-6,8.5,-1.5,-8,-9,5,3.5,6,1.5,-6,-1.5,-2,8,-7,-6.5,2,5.5,2,-3.5,-4,0) 
    textLocationMatrix <- matrix(cbind(textLocationX,textLocationY),nrow=31,ncol=2) 
    plot(newxhull, newyhull, pch=".", xlim=c(-16,16), ylim=c(-16,16), 
     axes=FALSE,xlab="",ylab="") 
    newAdjust<-adjust 
    for (i in 1:5){ 
    newxhull <- xhull*newAdjust 
    newyhull <- yhull*newAdjust 
    polygon(newxhull, newyhull, 
      border=rgb(colorList[1,i]/255, colorList[2,i]/255, colorList[3,i]/255, 1), 
      lwd=2, 
      col=rgb(colorList[1,i]/255, colorList[2,i]/255, colorList[3,i]/255,saturation)) 
    newAdjust <- rotateVec(newAdjust,14) 
    } 
    text(textLocationMatrix[,1], textLocationMatrix[,2],labels=as.character(cellCounts)) 
    text(textLocationMatrix[c(17,2,3,24,14),1]*c(2,1.25,1.5,2,2), 
     textLocationMatrix[c(17,2,3,24,14),2]*c(2,1.35,1.5,2,2), 
     labels=cellLabels) 
## uncomment and run to get points and grid for adjusting text location 
## points(textLocationMatrix[,1], textLocationMatrix[,2]) 
## for (i in -16:16){ 
## if (i%%5==0){ 
##  color="black" 
## }else{ 
##  color="lightblue" 
## } 
## abline(v=i,col=color) 
## abline(h=i, col=color) 
## } 
} 

Poi

fiveCellVenn() 

produce un Venn simile al vostro primo. Non ho ancora il rappresentante per pubblicare un'immagine. Probabilmente vorrai sottomettere i colori e spostare i nomi delle celle.