Mettere le estremità del baffo sul boxplot

Question

Vorrei mettere le linee perpendicolari alle estremità dei baffi come la funzione boxplot dà automaticamente.

Answer 1

Potrebbe essere possibile utilizzare stat_boxplot per calcolare le estremità del baffo, ma non sono abbastanza una procedura guidata ggplot2, quindi per tale motivo utilizzo la funzione di base.

set.seed(42) 
df <- data.frame(cond = factor(rep(c("A","B"), each=500)), 
       value = c(rnorm(500,mean=1,sd=0.2),rnorm(500, mean=1.5,sd=0.1))) 


whisk <- function(df,cond_col=1,val_col=2) { 
    require(reshape2) 
    condname <- names(df)[cond_col] 
    names(df)[cond_col] <- "cond" 
    names(df)[val_col] <- "value" 
    b <- boxplot(value~cond,data=df,plot=FALSE) 
    df2 <- cbind(as.data.frame(b$stats),c("min","lq","m","uq","max")) 
    names(df2) <- c(levels(df$cond),"pos") 
    df2 <- melt(df2,id="pos",variable.name="cond") 
    df2 <- dcast(df2,cond~pos) 
    names(df2)[1] <- condname 
    df2 
} 



library(ggplot2) 

plot1 <- ggplot(df, aes(x=cond)) 
plot1 <- plot1 + geom_errorbar(aes(ymin=min,ymax=max),data=whisk(df),width = 0.5) 
plot1 <- plot1 + geom_boxplot(aes(y=value)) 
plot1 

Answer 2

Come accennato ma non eseguite dalle @Roland, è possibile utilizzare stat_boxplot per implementare questo. Il trucco chiama il numero _boxplot due volte e consente di impostare geom su errorbar per una delle chiamate.

Si noti che come R utilizza un approccio carta e penna, è consigliabile implementare le barre di errore prima di estrarre il tradizionale grafico a scatole sopra la parte superiore.

Utilizzando @ dati fittizi di Roland df

ggplot(df, aes(x=cond, y = value)) + 
stat_boxplot(geom ='errorbar') + 
geom_boxplot() # shorthand for stat_boxplot(geom='boxplot') 

L'aiuto per la stat_boxplot (?stat_boxplot) dettaglio i vari valori calcolati e salvati in un data.frame

Answer 3

Per ridimensionare i baffi linee che possiamo utilizzare l'argomento width = 0.5 all'interno della funzione: stat_boxplot

set.seed(42) 
df <- data.frame(cond = factor(rep(c("A", "B"), each = 500)), 
       value = c(rnorm(500, mean = 1, sd = 0.2), 
          rnorm(500, mean = 1.5, sd = 0.1))) 

library(ggplot2) 
ggplot(df, aes(x = cond, y = value)) + 
     stat_boxplot(geom = "errorbar", width = 0.5) + 
     geom_boxplot()