eseguire un lavoro crontab utilizzando un annaconda env

Question

Voglio che un cron job esegua uno script python utilizzando un ambiente anaconda python già esistente chiamato my_env. L'unica cosa che posso pensare è che il cron job esegua uno script chiamato my_script.bash che a sua volta attiva l'env e poi esegue lo script python.

#!/bin/bash 
source activate my_env 
python ~/my_project/main.py 

Cercando di eseguire questo script dalle righe di comando non funziona:

$ sh scripts/my_script.bash 
scripts/my_script.bash: 9: scripts/my_script.bash: source: not found 

Cosa devo fare per assicurarsi che l'ambiente adeguato è attivato. Va bene per spiegarlo come se fossi 5.

Answer 1

Non chiamare sh ma bash. source è un comando bash.

- sh scripts/my_script.bash 
+ bash scripts/my_script.bash 

O semplicemente

chmod +x scripts/my_script.bash 
./scripts/my_script.bash 

da quando è stato aggiunto lo shebang bash.

Answer 2

Recentemente sono passato da canopy ad Anaconda proprio per evitare di dover attivare un env nei lavori cron. Anaconda rende questo molto semplice, basato sulla variabile di ambiente PATH. (Sto usando miniconda non l'installazione completa di Anaconds ma credo che anaconda dovrebbe funzionare allo stesso modo)

Ci sono due approcci diversi, ho provato;

• Aggiungi uno shebang nello script python, main.py

  #!/home/users/user_name/miniconda2/envs/my_env/bin/python

• Aggiungere Percorso alla parte superiore del vostro crontab

  PATH=/home/users/user_name/miniconda2/envs/my_env/bin