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È possibile utilizzare la funzione knitr knit2pdf() direttamente con i file R Markdown (Rmd)? Ho visto vari tutorial/note di classe che sembrano suggerire che possano, ad es. here e here (Ctrl + F "knit2pdf" in entrambi).Utilizzo di knit2pdf con file Rmd
Ma quando prendo un file RMD semplice (salvato come "test.rmd")
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title: "knit2pdf test"
author: "A Aaronson"
date: "Thursday, February 19, 2015"
output: pdf_document
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This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.
When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:
```{r}
summary(cars)
```
You can also embed plots, for example:
```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```
Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.
e cercare
library(knitr)
knit2pdf("test.Rmd")
ottengo il seguente errore
risultati in:
output file: test.md
Error: running 'texi2dvi' on 'test.md' failed
LaTeX errors:
! Emergency stop
*** (job aborted, no legal \end found)
! ==> Fatal error occurred, no output PDF file produced!
! ==> Fatal error occurred, no output PDF file produced!
In addition: Warning message:
running command '"C:\PROGRA~2\MIKTEX~1.9\miktex\bin\texi2dvi.exe" --quiet --pdf "test.md" --max-iterations=20 -I "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/share/texmf/tex/latex" -I "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/share/texmf/bibtex/bst"' had status 1
Clicki Il pulsante "Knit PDF" genera sempre correttamente un pdf. Quindi mi manca un passaggio intermedio?
Vorrei aggiungere che knit2pdf() con i file RNW funziona come previsto per me, anche se io ancora ottenere l'avvertimento
running command '"C:\PROGRA~2\MIKTEX~1.9\miktex\bin\texi2dvi.exe" --quiet --pdf "rnwtest.tex" --max-iterations=20 -I "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/share/texmf/tex/latex" -I "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.2/share/texmf/bibtex/bst"' had status 1
aiuto molto apprezzato.
Controllo knit2pdf, vedo che knit2pdf() si aspetta un documento Rnw o RRST che è il motivo per cui "knit2pdf() con i file RNW funziona come previsto", ma non con Rmd. Penso che "facendo clic sul pulsante" Knit PDF "venga sempre generato correttamente un pdf" perché una versione Rnw o prima viene generata in una fase preliminare e poi knit2pdf() chiama sul risultato per produrre il pdf (o qualcosa del genere). Quindi è necessario capire come produrre la prima versione dal tuo Rmd, quindi utilizzare rst2pdf() – shekeine