R: heatmap.2 cambia colore chiave

Question

Ho una domanda sul pacchetto gplots. Voglio usare la funzione heatmap.2 e quindi voglio cambiare il mio punto simmetrica in chiave di colore da 0 a 1. Normalmente quando symkey=TRUE e si utilizza il col=redgreen(), viene creata una barra colorata in cui i colori vengono gestiti in questo modo:

red = -2 to -0.5 
black=-0.5 to 0.5 
green= 0.5 to 2 

Ora voglio creare una barra colorata come questa:

red= -1 to 0.8 
black= 0.8 to 1.2 
green= 1.2 to 3 

è qualcosa di simile possibile?

Grazie!

Answer 1

Se si guarda the heatmap.2 help file, sembra che si desideri l'argomento breaks. Dal file di aiuto:

breaks (opzionale) O un vettore numerico che indica i punti di divisione per discretizzazione x in colori, oppure un numero intero di punti di rottura da utilizzare, nel qual caso i punti di rottura saranno distanziati ugualmente tra min (x) e max (x)

Quindi, si utilizza breaks per specificare i punti di interruzione per ciascun colore. es .:

library(gplots) 

# make up a bunch of random data from -1, -.9, -.8, ..., 2.9, 3 
# 10x10 
x = matrix(sample(seq(-1,3,by=.1),100,replace=TRUE),ncol=10) 

# plot. We want -1 to 0.8 being red, 0.8 to 1.2 being black, 1.2 to 3 being green. 
heatmap.2(x, col=redgreen, breaks=c(-1,0.8,1.2,3)) 

Il bit cruciale è il breaks=c(-1,0.8,1.2,3) essere vostri tagli.