Come ottenere i dati dei pixel da un'immagine utilizzando R

Question

Qualcuno può aiutarmi su come ottenere i dati dei pixel RGB da un'immagine in R?

Ho bisogno di queste informazioni per confrontare le differenze nel piumaggio degli uccelli per aiutare nella comprensione di un evento di speciazione.

Le mie foto vengono scattate da una fotocamera digitale e ora sono come file NEF. Non importa quale tipo di file è necessario, ho la possibilità di convertire il file in qualunque cosa desideri. Tuttavia, preferirei mantenere quante più informazioni possibili nel file (cioè i file PNG sono buoni).

Ho provato molti pacchetti in R: Pixmap, Raster, ImageMetrics e navigato su Internet, metodi testati, co-studenti, ecc. Per diverse settimane cercando di risolvere questo problema. Qui a Stackoverflow ho provato questo: How to extract the pixel data Use R's pixmap package?, senza fortuna. Anche i miei file sono troppo grandi per la finestra R (l'intero array non viene visualizzato) e ho difficoltà a comprendere la matrice prodotta. La cosa migliore per me sarebbe quella di ottenere i dati come una matrice o in un altro modo che rende più facile capire cosa è cosa. Ho trovato un sacco di domande simili, ma in altri programmi (come Java, C++, IOS, Matlab, Python ecc.) Che sfortunatamente non so come usare.

I miei problemi potrebbero essere dovuti alle mie scarse abilità con questo tipo di lavoro, ma sto provando più che posso con lo sfondo che ho. Se qualcuno può aiutarmi o darmi qualche consiglio, sarò molto grato.

Answer 1

Per prima cosa generare un esempio png immagine:

png("/tmp/test.png") 
plot(rnorm(100)) 
dev.off() 

Poi ho convertirlo in un formato leggibile da pixmap: qui converto il png in un file ppm come voglio mantenere le informazioni di colori. Io uso ImageMagick dalla riga di comando, ma è possibile utilizzare qualsiasi programma che si desidera:

$ convert /tmp/test.png /tmp/test.ppm 

Successivamente, è possibile leggere l'immagine con la funzione read.pnm dal pacchetto pixmap:

x <- read.pnm("/tmp/test.ppm") 

E poi, è possibile utilizzare gli slot x@red, x@blue, x@green (o x@grey per un'immagine in scala di grigi) per ottenere il valore dei pixel per ciascun canale come matrice. È possibile verificare che le dimensioni delle matrici sono le stesse come la dimensione della vostra immagine:

dim(x@red) 
[1] 480 480 

Answer 2

Prendete questa immagine piccolo campione di 3x3 pixel PNG:

Poi:

library('png') 
download.file('http://i.stack.imgur.com/hakvE.png', 'sample.png') 
img <- readPNG('sample.png') 
pix.top.left <- img[1,1,]  # row 1, column 1 
pix.bottom.left <- img[3,1,] # row 3, column 1 
pix.top.right <- img[1,3,] # row 1, column 3 

Se stai leggendo un'immagine PNG con canale alfa (come l'immagine di esempio sopra), ciascuna delle variabili pix. è un vettore con quattro voci , ogni voce corrisponde ai valori di rosso, verde, blu e alfa del pixel.

> pix.top.left 
[1] 1 0 0 1