Espansione variabile nei commenti

Question

È possibile espandere le variabili nei commenti all'interno di uno script bash?

Voglio scrivere uno script da inserire in SGE. La sintassi qsub mi consente di passare parametri aggiuntivi al motore della griglia utilizzando le righe all'interno dello script bash che iniziano con #$. Ad esempio,

#$ -q all.q 
#$ -S /bin/bash 
#$ -V 
#$ -m beas 
#$ -o run_20120103.out 

quello che voglio è che il parametro -o è dinamicamente impostata su una variabile, dire $1. Quindi mi sento di scrivere ingenuamente

#$ -o run_${1}.out 

Tuttavia, dal momento che la linea inizia con un #, bash ignora e la variabile $1 non viene espansa.

Qualche idea? Qualche preprocessore bash? Un altro modo?

EDIT Ho appena scelto $1 come esempio. Potrebbe anche essere $FOO o $BAR.

Answer 1

L'espansione variabile si verifica nella memoria della shell, non influisce sul file. Pertanto, non importa quale bash si espande.

Invece, probabilmente si può generare lo script da eseguire al volo, con tutto ampliato a posto:

cat << EOF | qsub [options] - 
#$ -o run_$1.out 
cmds 
EOF 

Answer 2

Per essere un po 'più SGE specifico rispetto la risposta accettata, solo reindirizzare l'output standard qsub e analizza l'ID del lavoro. È quindi possibile utilizzare questo per modificare il nome del lavoro tramite qalter.

Ecco un esempio di uno script che ho utilizzato per inviare e modificare lavori come questo.

for a in $args; 
do 
    qsub submission_script $a 1> job.txt 
    jid=$(cat job.txt | tr -dc '0-9' | cut -c -6) 
    qalter $jid -N $a 
done 

Sono certo che ci sono altri modi idiomatici per farlo, ma questo è un primo tentativo.

Questo approccio consente a submission_script di avere i propri argomenti. Consente inoltre di modificare a livello di codice altre caratteristiche del lavoro, non solo il nome.

Answer 3

Sto anche utilizzando il comando qsub in SGE per generare diversi registri di output o di errore. Per esempio, se mi piacerebbe includere il TASK_ID nello script, invece di fare

#$ -o run_${TASK_ID}.out 

scriverlo senza i paretheses farà il trucco:

#$ -o run_$TASK_ID.out