mclapply tempo utente maggiore del tempo trascorso

Question

Sto tentando di utilizzare la funzione mclapply del pacchetto parallel in R. La funzione sta assegnando i valori alla matrice di sequenze calcolando la distanza di verosimiglianza del log - un'operazione che richiede un uso intensivo della CPU.

I risultanti system.time valori sono confuse:

> system.time(mclapply(worksample,function(x){p_seqi_modj(x,worksample[[1]],c(1:17))})) 
    user system elapsed 
29.339 1.242 18.581 

ho pensato che elapsed significa tempo aggregato (+ usersystem). Cosa significa il risultato sopra in questo caso e a che ora dovrei orientarmi? La mia versione non parallela richiede meno tempo in user e molto altro in elapsed.

Answer 1

La pagina di aiuto ?system.time dice che il valore restituito dalla funzione è un oggetto di classe proc_time e che dovremmo consultare ?proc.time. Ci si apprende che il tempo utente è

cumulative sum of user and system times of any child processes 

così il vostro compito ha speso circa 15s su ogni core (mclapply impostazioni di default usa 2 core, vedere l'argomento mc.cores).

In realtà, vediamo prima nella pagina di aiuto che proc.time() rendimenti cinque elementi che separano i tempi di processo e figlio, e che il metodo di sintesi utilizzato nella stampa crolla il tempo e al sistema in tempi di processo + bambino, per cui v'è un po 'più informazioni disponibili.