Errore nel tracciare le mappe di Kohonen in R?

Question

Stavo leggendo questo post sul blog di R-blogger e sono confuso dall'ultima sezione del codice e non riesco a capirlo.

http://www.r-bloggers.com/self-organising-maps-for-customer-segmentation-using-r/

ho tentato di ricreare questo con i miei dati. Ho 5 variabili che seguono una distribuzione esponenziale con 2755 punti.

mi trovo benissimo con e possono tracciare la mappa che esso genera:

plot(som_model, type="codes") 

La sezione del codice che non capisco è il:

var <- 1 
var_unscaled <- aggregate(as.numeric(training[,var]),by=list(som_model$unit.classif),FUN = mean, simplify=TRUE)[,2] 
plot(som_model, type = "property", property=var_unscaled, main = names(training)[var], palette.name=coolBlueHotRed) 

Come Lo capisco, questa sezione del codice suppone che stia tracciando una delle variabili sulla mappa per vedere come appare, ma è qui che mi imbatto in problemi. Quando eseguo questa sezione del codice ottengo l'avvertimento:

Warning message: 
In bgcolors[!is.na(showcolors)] <- bgcol[showcolors[!is.na(showcolors)]] : 
number of items to replace is not a multiple of replacement length 

e produce la trama:

Il che in qualche modo non sembra giusto ...

Ora quello che penso sia venuto giù è il modo in cui la funzione di aggregazione ha riordinato i dati. La lunghezza di var_unscaled è 789 e la lunghezza di som_model $ data, training [, var] e unit.classif sono tutti di lunghezza 2755. Ho provato a tracciare i dati aggregati, il risultato non era un avvertimento ma un grafico incomprensibile (come previsto).

Ora penso che abbia fatto questo perché unit.classif ha molti numeri ripetuti al suo interno ed è per questo che ha ridotto le sue dimensioni.

La domanda è: sono preoccupato per l'avviso? Sta producendo un grafico preciso? Che cosa esattamente cerca la sezione "Proprietà" nel comando trama? C'è un modo diverso in cui posso "Aggregare" i dati?

Answer 1

Penso che sia necessario creare il colore della tavolozza. Se si mette l'argomento

coolBlueHotRed <- function(n, alpha = 1) {rainbow(n, end=4/6, alpha=alpha)[n:1]} 

e poi cercare di ottenere una trama, per esempio

plot(som_model, type = "count", palette.name = coolBlueHotRed) 

alla fine è successo.

Questo collegamento può aiutare: http://rgm3.lab.nig.ac.jp/RGM/R_rdfile?f=kohonen/man/plot.kohonen.Rd&d=R_CC

Answer 2

penso che non tutte le cellule sulla vostra mappa hanno punti all'interno. Hai 30 per 30 mappa e circa 2700 punti. In media è di circa 3 punti per cella. Con alta probabilità alcune celle hanno più di 3 punti e alcune celle sono vuote.

Il codice nel post su R-blogger funziona bene quando tutte le celle hanno punti all'interno.

Per farlo funzionare sui vostri dati provare modificare questa parte:

var <- 1 
var_unscaled <- aggregate(as.numeric(training[, var]), by = list(som_model$unit.classif), FUN = mean, simplify = TRUE)[, 2] 
plot(som_model, type = "property", property = var_unscaled, main = names(training)[var], palette.name = coolBlueHotRed) 

con questo:

var <- 1 
var_unscaled <- aggregate(as.numeric(data.temp[, data.classes][, var]), 
          by = list(som_model$unit.classif), 
          FUN = mean, 
          simplify = T) 
v_u <- rep(0, max(var_unscaled$Group.1)) 
v_u[var_unscaled$Group.1] <- var_unscaled$x 
plot(som_model, 
    type = "property", 
    property = v_u, 
    main = colnames(data.temp[, data.classes])[var], 
    palette.name = coolBlueHotRed) 

Speranza che aiuta.

Answer 3

Basta aggiungere queste funzioni al vostro script:

coolBlueHotRed <- function(n, alpha = 1) {rainbow(n, end=4/6, alpha=alpha)[n:1]} 

pretty_palette <- c("#1f77b4","#ff7f0e","#2ca02c", "#d62728","#9467bd","#8c564b","#e377c2")