Calcolo del rapporto AUC in R

Sto generando modelli di nicchia ecologici per un insieme di specie e vorrei utilizzare l'AUC come parametro per la qualità ecologica di nicchia. Steven Phillips, che ha sviluppato Maxent, fornisce il codice nel suo manuale di Maxent per calcolare l'AUC in R. Tuttavia, sto leggendo documenti che riportano rapporti AUC parziali come una metrica più solida e concettualmente sana. Penso di capire come calcolare l'AUC parziale usando il pacchetto ROCR R, ma come si calcola il rapporto AUC?Calcolo del rapporto AUC in R

Ecco lo script tutorial da Phillips:

presence<-read.csv("bradypus_variegatus_samplePredictions.csv") 
background<-read.csv("bradypus_variegatus_backgroundPredictions.csv") 
pp<-presence$Logistic.prediction 
testpp<-pp[presence$Test.or.train=="test"] 
trainpp<-pp[presence$Test.or.train=="train"] 
bb<-background$logistic 

combined<-c(testpp,bb) 
label<-c(rep(1,length(testpp)),rep(0,length(bb))) 
pred<-prediction(combined,label) 
perf<-performance(pred,"tpr","fpr") 
plot(perf,colorize=TRUE) 
performance(pred,"auc")@y.values[[1]] #RETURNS AUC 

AUC<-function(p,ind){ 
    pres<-p[ind] 
    combined<-c(pres,bb) 
    label<-c(rep(1,length(pres)),rep(0,length(bb))) 
    predic<-prediction(combined,label) 
    return(performance(predic,'auc')@y.values[[1]]) 
} 

b1<-boot(testpp,AUC,100) #RETURNS AUC WITH STANDARD ERROR 
b1

Qualsiasi consiglio o suggerimento sarebbe molto apprezzato! Grazie.

fonte

2011-10-18 Pascal

Senza conoscere le specifiche del vostro gruppo di dati e applicazioni,

parziale AUC: L'area sotto solo una parte della curva. (di solito scelto perché è più robusto o altrimenti desiderabile, come hai detto)
Rapporto AUC: il rapporto tra una AUC e l'altra. (Di solito un riferimento di qualche tipo)

Soo ...

parziale rapporto AUC: Il rapporto di un'AUC parziale all'altro.

fonte

2011-10-19 04:03:06

Quindi stai dicendo che il rapporto AUC non è realmente una misura della qualità di un modello di nicchia, ma più di una metrica quando si confrontano diverse uscite di modellazione con alcuni parametri che variano? – Pascal

Corretto, come vedo usarlo in generale. È ancora possibile che ci sia un significato più specifico nel tuo campo, comunque. Non so nulla di modelli di nicchia ecologici, quindi sfortunatamente non sono d'aiuto. Ad ogni modo, ecco un esempio di come solitamente lo vedo usato, nel caso in cui aiuti: http://www.drug-interactions.eu/eng/AUC.htm –

Ok, probabilmente hai ragione. Penso che potrei aver frainteso quello che stavano cercando di mostrare con i rapporti AUC nel documento che stavo leggendo. Grazie per il chiarimento! – Pascal

Il pacchetto ROCR può calcolare valori di AUC parziali utilizzando il parametro fpr.stop=. Come ha detto John, il rapporto è solo questo valore diviso per lo stesso calcolo per il modello di riferimento.

fonte

2011-10-19 07:06:08

Calcolo del rapporto AUC in R

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