Sto eseguendo un programma di assemblaggio del genoma * Trinity, http://trinityrnaseq.sourceforge.net/, se interessato) su una delle risorse XSEDE. L'hardware limita il numero di thread a 2500, che il programma vuole sempre superare ... C'è un modo semplice per limitare il numero di thread eseguiti? Ho provato -XX:ParallelGCThreads=16
, ma questo sembra introdurre nuovi errori.In fase di runtime, come limitare il numero di thread java
Quindi, esiste un comando runtime per limitare il numero totale di thread ??
Il problema è che, anche se si potesse dire alla JVM di limitare il numero di thread, la logica dell'applicazione Trinity tenterebbe comunque di ottenere più thread e quindi fallirebbe (o bloccherebbe) in fase di esecuzione. Sembra che tu voglia veramente aggiustare la base di codice Trinity per usare una strategia di creazione di thread/thread diversa, e ciò richiederebbe la loro fonte e la sua modifica. –
Ho sfogliato i documenti Trinity e ho visto un'opzione --CPU. Hai provato? – user949300
Ho sfogliato i documenti Trinity e ho visto un'opzione --CPU. Hai provato? – user949300