Errori erratici quando si utilizza yscale ('log') su matplotlib

Question

In alcuni casi, matplotlib mostra il grafico con errori erronei quando si utilizza la scala logaritmica. Supponiamo questi dati (entro pylab per esempio):

s=[19.0, 20.0, 21.0, 22.0, 24.0] 
v=[36.5, 66.814250000000001, 130.17750000000001, 498.57466666666664, 19.41] 
verr=[0.28999999999999998, 80.075044597909169, 71.322124839818571, 650.11015891565125, 0.02] 
errorbar(s,v,yerr=verr) 

e ottenere un risultato normale ma quando passo scala logaritmica:

yscale('log') 

ottengo una trama in cui alcuni errorbars non sono visibili , anche se è ancora possibile vedere alcuni dei limiti della barra di errore. (Vedi sotto). Perché sta succedendo questo, e come posso risolverlo?

Answer 1

Il problema è che per alcuni punti v-verr sta diventando negativo, valori < = 0 non può essere visualizzata su un asse logaritmico (log(x), x<=0 è indefinito) Per aggirare il problema è possibile utilizzare gli errori asimmetrici e la forza i valori risultanti devono essere sopra lo zero per i punti offensivi.

In qualsiasi punto per cui gli errori siano superiori al valore verr>=v assegniamo verr=.999v in questo caso la barra di errore si avvicina a zero.

Ecco lo script

import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np 

s=[19.0, 20.0, 21.0, 22.0, 24.0] 
v=np.array([36.5, 66.814250000000001, 130.17750000000001, 498.57466666666664, 19.41]) 
verr=np.array([0.28999999999999998, 80.075044597909169, 71.322124839818571,  650.11015891565125, 0.02]) 
verr2 = np.array(verr) 
verr2[verr>=v] = v[verr>=v]*.999999 
plt.errorbar(s,v,yerr=[verr2,verr]) 
plt.ylim(1E1,1E4) 
plt.yscale('log') 
plt.show() 

Ecco il risultato

Answer 2

Passa alla scala logaritmica, ma con questo comando:

plt.yscale('log', nonposy='clip') 

Analogamente, per l'x -ass .:

In ogni caso, se si dispone di un dev version of matplotlib nell'ultimo semestre, si avrà questo comportamento di ritaglio per impostazione predefinita, come discusso in Make nonposy='clip' default for log scale y-axes.