Espressione regolare nella funzione indice

Question

Sto cercando l'occorrenza di "CCGTCAATTC (A | C) TTT (A | G) AGT" in un file di testo.

$text = 'CCGTCAATTC(A|C)TTT(A|G)AGT'; if ($line=~/$text/){ chomp($line); $pos=index($line,$text); }

Ricerca sta lavorando, ma io non sono in grado di ottenere la posizione di "testo" in linea. Sembra che index non accetti un'espressione regolare come sottostringa.

Come posso fare questo lavoro. Grazie

Answer 1

L'array @- mantiene gli offset delle posizioni iniziali dell'ultima corrispondenza riuscita. Il primo elemento è l'offset dell'intero pattern di matching, e gli elementi successivi sono offset di sotto-pattern parentesi. Quindi, se sai che c'era una corrispondenza, puoi ottenere il suo offset come $-[0].

Answer 2

Non è necessario utilizzare lo standard index, solo un'espressione regolare. La porzione di $line che precede la corrispondenza delle espressioni regolari verrà memorizzata in $` (o $PREMATCH se si è scelto di utilizzare l'inglese;). È possibile ottenere l'indice della partita controllando la lunghezza del $`, e si può ottenere la stessa partita dal $& (o $MATCH) variabile:

$text = 'CCGTCAATTC(A|C)TTT(A|G)AGT'; 
if ($line =~ /$text/) { 
    $pos = length($PREMATCH); 
} 

Supponendo che si desidera ottenere $pos continuare corrispondenti sul restante parte di $line, è possibile utilizzare la variabile $' (o $POSTMATCH) per ottenere la parte di $line che viene dopo la corrispondenza.

Vedere http://perldoc.perl.org/perlvar.html per informazioni dettagliate su queste variabili speciali.

Answer 3

In base ai commenti, sembra che quello che si sta cercando corrisponda ai 50 caratteri che seguono direttamente la partita. Quindi, una soluzione semplice sarebbe:

my ($match) = $line =~ /CCGTCAATTC[AC]TTT[AG]AGT(.{50})/; 

Come si vede, [AG] è equivalente a A|G. Se si desidera abbinare più volte, è possibile utilizzare un array @matches e l'opzione globale /g sull'espressione regolare. Per esempio.

my @matches = $line =~ /CCGTCAATTC[AC]TTT[AG]AGT(.{50})/g; 

Si può fare questo per mantenere il pattern matching:

my ($pattern, $match) = $line =~ /(CCGTCAATTC[AC]TTT[AG]AGT)(.{50})/g; 

O in un ciclo:

while ($line =~ /(CCGTCAATTC[AC]TTT[AG]AGT)(.{50})/g;) { 
    my ($pattern, $match) = ($1, $2); 
} 

Answer 4

while ($line =~ /(CCGTCAATTC[AC]TTT[AG]AGT)(.{50})/g;) { 

mi piace, ma non ; in while.

Ho avuto tempi difficili per cercare il motivo degli errori. T_T.