Come posso mantenere la trasparenza in ggplot2?

Question

Amo i grafici generati da ggplot. Tuttavia, è ancora piuttosto complicato ottenere direttamente grafici di qualità di pubblicazione. Di solito devo fare un po 'di post-elaborazione in Illustrator (cioè cambiare i caratteri, numerare i numeri ecc.). Mentre potrei salvare come tiff o png, eps è il migliore per manipolare le figure in Illustrator (posso separare oggetti, spostare la legenda/testo ecc.).

Quando ho salvare un oggetto ggplot con un po 'di trasparenza (sia in punti o un più agevole) ottengo questo errore:

Warning message: 
In grid.Call.graphics("L_points", x$x, x$y, x$pch, x$size) : 
    semi-transparency is not supported on this device: reported only once per page 

C'è una soluzione?

Answer 1

Il "dispositivo" di R non supporta la trasparenza parziale, ma, se non ricordo male, il suo dispositivo PDF lo fa. Illustrator dovrebbe essere in grado di leggere i PDF con la stessa facilità di EPS o, in caso contrario, provare a convertirli dopo la generazione con pdftops (nonpdf2ps, sono programmi totalmente diversi e l'output di pdf2ps è ... inferiore).

Nota che R non cerca di ottimizzare il proprio output PDF affatto, quindi, anche se si vuole ricevere una trama che non ha bisogno di post-produzione, si consiglia di eseguire attraverso un programma di utilità di compressione come qpdf per lo meno .

Answer 2

Si potrebbe anche provare ad esportare come SVG tramite il dispositivo svg. Non sono sicuro se Illustrator può leggere SVG, ma Inkscape può, ed è open source :) Ho fatto alcune cose positive con l'output R in SVG in Inkscape, e i raggruppamenti sono conservati come con EPS. Non posso essere sicuro al 100% che gestisca l'opacità, ma sono sicuro che sia nello standard SVG.

Answer 3

Ho avuto gli stessi problemi con l'utilizzo della funzione postscript. Ho trovato che cairo_ps dal pacchetto grDevices supporta la trasparenza (almeno in Ubuntu 10.04 con R versione 2.10.1). Uso sarebbe:

cairo_ps(filename='filename.eps', width=7, height=7) 
plot(x,y) 
dev.off() 

Answer 4

Questo funziona:

ggsave("filename.eps", device=cairo_ps) 

Answer 5

Il formato EPS in linea di principio non supporta semi-trasparenza - se si vuole semi-trasparenza ed essere in grado di modificare in Illustrator o Inkscape si sarebbe esportare meglio in formato SVG o PDF. Se sei davvero legato al formato EPS, puoi comunque utilizzare il dispositivo e specificare a quale risoluzione gli oggetti semitrasparenti devono essere rasterizzati (solo gli elementi non semitrasparenti rimangono come formato vettoriale, tuttavia, le aree semi-trasparenti vengono rasterizzate per bitmap). La sintassi per fare questo è:

cairo_ps(file = "test.eps", onefile = FALSE, fallback_resolution = 600) 
qplot(Sepal.Length, Petal.Length, data = iris, color = Species, size = Petal.Width, alpha = I(0.7)) 
dev.off() 

o

ggsave("filename.eps", device=cairo_ps, fallback_resolution = 600) 

Un'opzione alternativa è quella di esportare in MS Office PowerPoint in formato vettoriale, e fare qualsiasi layout editing lì.Questo può essere fatto utilizzando ReporteRs o il mio proprio pacchetto export che è costruito su di esso:

library(ReporteRs) 
require(ggplot2) 
mydoc = pptx() 
mydoc = addSlide(mydoc, slide.layout = "Title and Content") 
mydoc = addTitle(mydoc, "Plot examples") 
myplot = qplot(Sepal.Length, Petal.Length 
       , data = iris, color = Species 
       , size = Petal.Width, alpha = I(0.7) 
) 
# Add titles and then 'myplot' 
mydoc = addPlot(mydoc, function() print(myplot), vector.graphic=TRUE) 
writeDoc(mydoc, file = "test plot.pptx") 

o utilizzando il mio pacchetto export (https://github.com/tomwenseleers/export):

library(export) 
qplot(Sepal.Length, Petal.Length, data = iris, color = Species, size = Petal.Width, alpha = I(0.7)) 
graph2ppt(file="plot.pptx", width=8, aspectr=sqrt(2)) 

questo si traduce in una completamente modificabili , grafico Powerpoint di alta qualità in formato DrawingML basato su vettoriale nativo di Office, con pieno supporto per la trasparenza. Qui puoi facilmente risolvere piccoli problemi di formattazione ed esportare in un PDF di alta qualità stampando su PDF.