tracciare i primi 5 valori da una tabella in R

Question

Sono molto nuovo a R quindi questa potrebbe essere una semplice domanda. Ho una tabella di dati che contiene i conteggi di frequenza delle specie come questo:

Acidobacteria    47 
    Actinobacteria   497 
    Apicomplexa     7 
    Aquificae     16 
    Arthropoda     26 
    Ascomycota    101 
    Bacillariophyta    1 
    Bacteroidetes   50279 
    ... 

ci sono circa 50 specie del tavolo. Come puoi vedere alcuni valori sono molto più grandi degli altri. Mi piacerebbe avere un barattolo accatastato con le prime 5 specie in percentuale e una categoria di "altro" che abbia la somma di tutte le altre percentuali. Quindi il mio barplot avrebbe 6 categorie in totale (top 5 e altro).

Ho 3 set di dati aggiuntivi (siti di esempio) che mi piacerebbe fare la stessa cosa per evidenziare solo i primi 5 dei primi set di dati in ognuno di questi set di dati e metterli tutti sullo stesso grafico. Il grafico finale avrebbe 4 barre impilate che mostrano come le specie principali nel primo set di dati cambiano in ogni set di dati aggiuntivo.

ho fatto un complotto del campione a mano (tabulati dei dati al di fuori di R e solo alimentato al tavolo finale delle percentuali) per dare un'idea di quello che sto cercando: http://dl.dropbox.com/u/1938620/phylumSum2.jpg

vorrei metti questi passaggi in uno script R in modo da poter creare questi grafici per molti set di dati.

Grazie!

Answer 1

Dite i vostri dati sono in data.frame DF

DF <- read.table(textConnection(
"Acidobacteria    47 
Actinobacteria   497 
Apicomplexa     7 
Aquificae     16 
Arthropoda     26 
Ascomycota    101 
Bacillariophyta    1 
Bacteroidetes   50279"), stringsAsFactors=FALSE) 
names(DF) <- c("Species","Count") 

Quindi è possibile determinare quali specie sono nella top 5 da

top5Species <- DF[rev(order(DF$Count)),"Species"][1:5] 

Ognuno dei set di dati possono poi essere convertiti in questi 5 e "Altro" di

DF$Group <- ifelse(DF$Species %in% top5Species, DF$Species, "Other") 
DF$Group <- factor(DF$Group, levels=c(top5Species, "Other")) 
DF.summary <- ddply(DF, .(Group), summarise, total=sum(Count)) 
DF.summary$prop <- DF.summary$total/sum(DF.summary$total) 

Making Group un fattore kee ps tutti nello stesso ordine in DF.summary (il più grande al più piccolo per il primo set di dati).

Quindi li metti insieme e li piazzano come hai fatto nel tuo esempio.

Answer 2

Noi dovrebbe prendere l'abitudine di utilizzare data.table ove possibile:

library(data.table) 
DT<-data.table(DF,key="Count") 
DT[order(-rank(Count), Species)[6:nrow(DT)],Species:="Other"] 
DT<-DT[, list(Count=sum(Count),Pcnt=sum(Count)/DT[,sum(Count)]),by="Species"]