2015-06-12 21 views
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Sto cercando di installare il pacchetto R 3.0.2 devtools su Ubuntu 14.04 come segue:install.packages ("DevTools") su R 3.0.2 non riesce a Ubuntu 14.04

install.packages("devtools") 

ottengo i seguenti risultati :

Installing package into ‘/home/jim/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
--- Please select a CRAN mirror for use in this session --- 
Warning: dependency ‘xml2’ is not available 
also installing the dependency ‘rversions’ 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/rversions_1.0.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 4624 bytes 
opened URL 
================================================== 
downloaded 4624 bytes 

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/devtools_1.8.0.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 141487 bytes (138 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 138 Kb 

ERROR: dependency ‘xml2’ is not available for package ‘rversions’ 
* removing ‘/home/jim/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/rversions’ 
ERROR: dependency ‘rversions’ is not available for package ‘devtools’ 
* removing ‘/home/jim/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/devtools’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpmDzsRJ/downloaded_packages’ 
Warning messages: 
1: In install.packages("devtools") : 
    installation of package ‘rversions’ had non-zero exit status 
2: In install.packages("devtools") : 
    installation of package ‘devtools’ had non-zero exit status 

sembra ci sia una dipendenza su un pacchetto di nome xml2. Qualcuno sa dove posso trovare questo pacchetto e come posso installarlo.

Ho già installato il seguente:

sudo apt-get install libxml2-dev 
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev 
sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev 
sudo apt-get install curl 
+1

Installa R 3.2.0 da [questo repository di Ubuntu su ogni mirror CRAN] (http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu); tutto andrà a posto. –

+0

sudo apt-get update ... e poi sudo apt-get install r-base ... I seguenti pacchetti NUOVI saranno installati: r-base 0 aggiornati, 1 installati, 0 da rimuovere e 3 non aggiornati. È necessario ottenere 0 B/9.568 B di archivi. Dopo questa operazione, verranno utilizzati 73,7 KB di spazio su disco aggiuntivo. Selezione r-base del pacchetto precedentemente deselezionata. (Lettura database ... 201581 file e directory correntemente installati.) Preparazione per decomprimere .../r-base_3.0.2-1ubuntu1_all.deb ... Disimballaggio r-base (3.0.2-1ubuntu1) ... Impostazione r-base (3.0.2-1ubuntu1) ... jim @ Ubuntu14: ~ $ 3.0.2 viene ancora installato –

+0

È stata aggiunta una voce in /etc/apt/sources.list come suggerito in il link pubblicato da @DirkEddelbuettel? –

risposta

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Se R è installato in Ubuntu utilizzando il centro del software, la versione stabile al momento della compilazione di Ubuntu è costruito è incluso. Quindi R 3.0.2 è installato.

aggiunta dei seguenti a /etc/apt/sources.list:

deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/ 

portato alla versione corrente (R 3.2.0) non è caricato.

ho dovuto installare la seguente libreria OpenSSL

sudo apt-get install libssl-dev 

e poi mi è stato in grado di avviare R e con successo l'installazione '' DevTools

Molte grazie a Dirk e Pascal per i loro consigli.

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Grazie per la soluzione! questo ha funzionato per me. per favore modifica la posizione del file sources.list in/etc/apt/sources.lista :) –

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grazie per la modifica mi sono perso :) –

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Ecco i mirror disponibili su Ubuntu: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ e qui l'elenco dei server: https: // cran.r-project.org/mirrors.html. Nel mio caso questa linea ha fatto il trucco: deb http://ftp.cixug.es/CRAN/bin/linux/ubuntu vivid/ – camposer

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Un'altra soluzione (nella versione R 3.2.2) è quello di lxml installazione:

$ apt-get install libxml2-dev libxslt-dev

che ha rimosso con successo l'errore R:

Error: configuration failed for package ‘xml2’

appare in R durante l'esecuzione

install.packages("devtools")

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La dipendenza 'libxml2-dev' corregge anche potenziali problemi di installazione con' roxygen2' su Debian-based versioni di Linux. –

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